核酸純度、濃度與分子量測定可應用于：（1）分析核酸；（2）為進一步實驗提供樣品。
| 實驗方法原理 | 溴化乙錠是一種熒光染料，在凝膠電泳中，EB分子可嵌入核酸雙鏈的堿基對之間，在紫外線激發下發出熒光，其強度與DNA量成正比。同時核酸最大吸收波長在260 nm，在此波長下，吸光度1 A相當于一定濃度的核酸，可以通過A260/A280 的比值，來測定所得核酸的純度。
利用一系列不同濃度的DNA標準溶液（0、2.5、5、10、20、30、40、50 ng/ml），或已知濃度的DNA marker，和未知濃度DNA樣品一起進行瓊脂糖凝膠電泳，以EB染色后，在凝膠圖象分析儀上觀察，比較標準濃度及未知濃度的亮度，來求取DNA 的含量。
比較DNA樣品與DNA marker條帶位置，推知DNA 樣品分子量。
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| 實驗材料 | DNA |
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| 試劑、試劑盒 | 瓊脂糖TBE電泳緩沖液TE buffer溴化乙錠（EB）載樣緩沖液 |
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| 儀器、耗材 | 電泳儀電泳槽電子天平移液器槍頭點樣板微波爐紫外分光光度儀凝膠圖象分析儀 |
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| 實驗步驟 | 一、核酸的純度測定 1. 將分光光度計打開，預熱10分鐘。
2. 將核酸溶液中取2 μl，加（或純水）使體積成為100 μl。
3. 將稀釋溶液加入石英管，以TE buffer（或純水）為標準倒入另一管。
4. 在波長260、280 nm 處測定吸光值。
5. 比較在260 nm 及280 nm 之讀值。
二、DNA含量和分子量的測定
1. 稱取1.5 g 瓊脂糖加入盛有100 ml 0.5×TBE電泳緩沖液三角瓶中，搖勻，在微波爐上加熱至瓊脂糖完全溶解。加入溴化乙錠（EB）至終濃度0.5 ug/ml，并搖勻。
2. 用膠帶將制膠板兩端封好，插入適當梳子，將溶解的瓊脂糖倒入，室溫冷卻凝固。
3. 充分凝固后撕掉兩端的膠布，垂直向上小心拔出梳子，以保證點樣孔完好。凝膠置入電泳槽中，加0.5×TBE電泳緩沖液至液面覆蓋凝膠1~2 mm。
4. 用移液器吸取DNA樣品8 μl 與 2 μl 的載樣緩沖液混勻，小心加入點樣孔，藍色樣品混合物將沉入點樣孔下部。同時點10 μl DNA Marker作為分子量標準。
5. 打開電源開關，調節電壓至3-5 V/cm，可見到條帶由負極向正極移動，約半小時后即可觀察。
6. 在凝膠圖象分析儀上觀察電泳帶及其位置，并與核酸分子量標準比較被擴增產物的大小；同時比較標準濃度及未知濃度的亮度，求取DNA 的含量。 收起 |
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| 注意事項 | 1. A260/A280>1.8表示DNA/RNA的純度高。若數值<<1.8，表示純度低，這時由OD260測得的DNA含量較不可信，核酸溶液中含有較多蛋白質，因此最好將前述所得核酸再重新抽取。
2. EB是致癌物質，切勿用手接觸，更不要污染環境。
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| 其他 | 測定260 nm 吸光值，OD=1.0代表值如下： （1）ds DNA （double stranded DNA） = 50 mg/ml （2）ss DNA （single stranded DNA or simgle-stranded RNA） = 40 mg/ml （3）oligonucleotide = 33 mg/ml |
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