非細胞型微生物
主要包括病毒和朊粒等。病毒無細胞結構，僅由蛋白質外衣包裹核酸構成，如甲型肝炎病毒、SARS冠狀病毒等。朊粒是一種感染性蛋白質分子，能夠引起動物和人類腦組織慢性海綿體變性，如瘋牛病及人類的庫魯病。
原核細胞型微生物
由裸露的DNA盤繞形成原始核質，沒有核膜和細胞器，包括細菌、立克次體、衣原體、支原體、螺旋體，屬于廣義的細菌范疇。
真核細胞型微生物
包括真菌、原蟲等。此類微生物具有核膜和復雜的細胞器，如引起瘧疾的瘧原蟲及引起皮膚病的霉菌等。
