梯度PCR多半是為第一次使用某條引物,為了摸索最佳退火條件設定的。拿到引物的時候,會得到建議的Tm值,兩條引物不同,你可以換算出一個退火溫度。但是這個退火溫度不一定是最佳反應條件,所以可以設定退火的梯度,最常用的是10C,這樣每一個反應是一個退火溫度,最后電泳可以觀察到,在哪一個退火溫度下,PCR產物產量和特異性都有保證。這樣后面就可以選這個溫度進行試驗。但是對于已經有最佳條件的引物,或是反應體系,是不需要做梯度PCR的。