1.血常規
HIV感染者并發肺部細菌性感染血白細胞計數較基礎值升高（因HIV感染者其白細胞基礎值常低于正常值），伴核左移。HIV伴粒細胞缺乏時肺部細菌和真菌（如曲菌）感染的危險性明顯增加。
2.血清乳酸脫氫酶（LDH）
PCP時血清LDH通常升高，但在其他肺部疾病（如細菌性肺炎和結核）或非肺部疾病時亦可升高，故缺乏特異性。LDH在嚴重PCP患者中具有較高的敏感性，相反病情較輕的PCP則LDH的敏感性差。LDH值與PCP治療反應及預后相關。
3.動脈血氣
HIV感染者并發肺部感染時通常有動脈血氣異常，如低氧血癥、肺泡-動脈血氧分壓差[PO2（A-a）]加大。二氧化碳性堿中毒，但缺乏診斷特異性。對于PCP，則對判斷預后和決定是否收住入院、或是否用糖皮質激素有幫助。
4.其他輔助檢查
（1）胸部X線檢查胸片可以為HIV合并肺部各種感染的診斷提供線索，并為診斷步驟選擇提供參考。
（2）胸部CT檢查對于肺部多發病變的鑒別診斷有一定幫助。由于免疫缺陷發生的不同時期可以合并多種肺部機會性感染、可以為任何不同感染類型及其各種病原譜的感染，導致肺部病變變化多端，各種局限性、彌漫性、結節性、腫塊性、空洞性、間質性病變和/或混合性病變均可發生并伴有胸腔積液及淋巴結腫大。如果大多數結節直徑小于1cm，且沿著支氣管中心性分布，一般多為肺部機會性感染；如伴有胸腔內淋巴結腫大，且結節大于1cm則考慮新生物。卡波濟肉瘤除肺內結節外常伴有支氣管周圍血管增寬。