1.潛伏期
一般為10～15天，最短2天，長者可達35天。
2.前驅期
一般數小時至3天，部分患者和重型患者前驅期不明顯。前驅期主要表現為低熱、頭昏、乏力、全身不適、四肢酸痛。大多數患者為急性發病，1～2天內到高峰。
3.急性期
（1）發熱一般起病2～3天發熱達高峰（39.5℃～41℃），大多數患者持續5～10天，然后階梯狀下降，經2～3天下降至正常。熱型多為稽留熱，部分患者可出現弛張熱、雙峰熱或不規則熱。
（2）全身中毒癥狀高熱時伴頭痛、全身肌肉痛、無力、食欲缺乏、惡心、嘔吐等，并由于血管運動中樞的損害，患者還可出現面部、頸部潮紅，結膜充血，脈搏緩慢。部分重癥患者有心肌炎表現，常有心音低鈍、心率增快、心電圖檢查有T波改變。嚴重患者可以突然出現心功能不全，急性肺水腫等。
（3）意識障礙和精神損害約半數以上患者有不同程度神志、意識變化，如昏睡、表情淡漠、意識模糊、昏迷，亦可出現譫妄和精神錯亂。
（4）腦膜受累的表現最常見的癥狀是劇烈頭痛，以顳部及后枕部持續鈍痛多見，有時為爆炸性和搏動性，呈撕裂樣全頭痛，伴惡心、嘔吐、頸項強直、腦膜刺激征。一般持續5～10天，可和昏迷同時存在，當意識清醒后，還可持續存1周左右。
（5）肌肉癱瘓以頸肌及肩胛肌與上肢聯合癱瘓最多見，下肢肌肉和顏面肌癱瘓較少，癱瘓多呈弛緩型，此與乙型腦炎不同。一般出現在病程第2～5天，大多數患者經2～3周后逐漸恢復，少數留有后遺癥而出現肌肉萎縮，成為殘廢。由于頸肌和肩胛肌癱瘓而出現本病特有頭部下垂表現，肩胛肌癱瘓時，手臂呈搖擺無依狀態。
（6）神經系統損害的其他表現部分患者出現錐體外系統受損征，如震顫、不自主運動等。偶爾可見語言障礙、吞咽困難等延髓麻痹癥狀，或中樞性面神經和舌下神經的輕癱。
4.恢復期
此期持續平均10～14天，體溫下降，肢體癱瘓逐步恢復，神志轉清，各種癥狀消失。
森林腦炎一般病程14～28天，但有少數患者可留有后遺癥，如失語、癡呆、吞咽困難、不自主運動，還有少數病情遷延達數月或1～2年之久，患者表現為弛緩性癱瘓、癲癇及精神障礙。
近年來國內報告，急性期患者的臨床癥狀較過去有所減輕，病死率也明顯降低，可能與采取免疫注射，加強對癥治療有關。