包埋脫水法保存種質的關鍵之一是尋求樣品包埋后的最佳脫水方式以及樣品保存前的最佳含水量。
不同物種和樣品種類采用包埋脫水時，其保存前最佳含水量不同，有必要進行保存前脫水。包埋后的樣品在保存前絕大多數采用干燥空氣脫水，如在通風櫥中處理26h或用硅膠處理，通過空氣蒸發脫水。
但最佳的脫水方式在不同實驗材料間有差別。包埋脫水法保存的樣品，一般不必除去褐藻酸鈣等包裹物，直接將其接種在固體培養基上恢復生長即可，但有的材料為改善保存效果，在恢復生長時應除去人工種皮，如甘蔗分生組織和油菜小孢子胚等。
