光源
可選激光光源和發光二極管光源；激光光源為單波長非連續光，分辨率和靈敏度高；二極管光源相對激光光源結構更緊湊簡潔，激發光帶寬較寬，能量輸出相對較低，可以直接整合到圖像掃描設備內，也比較經濟，輕便；
熒光信號收集系統
主要包括振鏡式的掃描系統和擺頭式掃描系統。振鏡式的掃描系統通過快速擺動反射鏡將反射光信號捕獲，而擺頭式掃描系統通過平移探頭來實現等距信號的捕獲；
熒光信號探測系統
比較普遍的熒光信號探測裝置包含PMT光電倍增管和視覺相機（包含電荷耦合元件CCD和互補金屬氧化物半導體）。
PMT光電倍增管將放大后的光信號轉化為電信號，放大倍數通常在10-6---10-7數量級，轉化波長范圍一般在300-800nm之間；
視覺相機是熒光成像應用越來越普遍的成像組件，用在熒光成像的產品主要有EMCCD、ICCD、SCMOS相機和制冷相機產品。