又稱后位房間隔缺損，在房間隔缺損中約占20%。缺損位于心房間隔的后下部份。缺損下緣接近下腔靜脈入口處，缺損下緣與下腔靜脈之間可能仍存在少量卵圓窩組織，但房間隔組織亦可全部缺失。缺損下緣與下腔靜脈入口之間沒有明顯界限，易將下腔靜脈瓣誤認為缺損下緣的房間隔組織，手術時應注意識別，以免縫合后造成下腔靜脈血液全部回流入左心房。右肺動脈開口位于缺損區，亦可伴有右肺靜脈異常回流入右心房或下腔靜脈。 第2孔型心房間隔缺損病例約12%可伴有其它先天性心臟血管畸形或心臟疾病，如肺動脈瓣狹窄、右肺靜脈異位回流、心室間隔缺損、動脈導管未閉、二尖瓣狹窄（Lutembacher綜合征）、左上腔靜脈永存等。 第2孔型心房間隔缺損的血流動力學改變是在心房水平產生血液分流。正常情況下，由于左心室肌肉比右心室厚，左側心臟和體循環的血流阻力比右側心臟和肺循環高，左心房平均壓力約為1.07～1.33kPa(8～10mmHg)，而正常右心房平均壓力在0.533～0.677kPa(4～5mmHg)以下，因此經心房間隔缺損的血液分流方向一般是從左至右，臨床上不呈現紫紺。左至右血液分流量的大小，取決于缺損的面積，左、右心室的順應性和左、右心房的壓力階差。嬰幼兒時期左、右心室肌肉厚度和順應性以及體循環與肺循環的血管阻力均比較接近，因而經心房間隔缺損的血液分流量很少。隨著年齡長大，肺血管阻力下降，右心室壓力降低，右心室心肌順應性增大，左至右血液分流量和肺循環血流量開始增多，右心房、右心室和肺動脈逐漸擴大。隨著右心房的增大，缺損的面積又可能相應地增大，分流量進一步增多，臨床癥狀逐漸明顯。右心導管檢查常發現肺循環血流量增多至為體循環血流量的2～4倍，但左心室排血量仍可維持正常的體循環和血壓，僅在劇烈運動時左心室排血量難于相應增多。雖然肺循環血流是大量增多，但由于肺血管床順應性強，因此雖然肺循環血流量增多，而肺動脈壓在早年并不升高。在童年期，心房間隔缺損病例中，由于肺血管阻力增高，肺動脈壓升高至6.67kPa(50mmHg)以上者僅占5%；而在40歲以上病例中，肺高壓的發生率則可達50%。肺小動脈因肺循環血流量增多引起的中層肥厚和內膜增生等肺高壓病理改變也隨著年齡增長而增多。20歲以上的病例，肺血管阻塞性病變、肺循環阻力升高、肺動脈高壓等情況明顯增多。隨著肺動脈、右心室和右心房壓力逐漸升高，經房間隔缺損的左至右分流量即逐漸減少。如右心房壓力高于左心房則產生逆向分流，一部分右心房血液經缺損分流入左心房，發生右至左分流后臨床上就呈現紫紺。肺循環高壓易誘發呼吸道感染，并引致右心室右心房肥厚增大，終于產生右心衰竭及各種房性心律失常。產生右至左逆向分流的晚期心房間隔缺損病例，縫閉心房間隔缺損往往加重右心衰竭，因而已不能耐受手術治療。未經手術治療的心房間隔缺損病人，平均死亡時間約為50歲左右。死亡原因主要為進行性加重的充血性心力衰竭。 心房間隔缺損合并肺靜脈異位回流入右心房以及心房間隔缺損合并二尖瓣狹窄的病例，左至右分流量更多。反之，心房間隔缺損合并肺動脈或右心室流出道狹窄者，則視右房壓力升高的程度，左至右分流量較少或表現為右至左分流。