● 動植物蛋白水解粉（HAP、HVP）生產的應用
利用中性蛋白酶的酶促反應，可把動植物的大分子蛋白質水解成小分子肽或氨基酸，以利于蛋白質的有效吸收和利用，其水解液AN%高，水解度高，風味佳，已廣泛用于生產高級調味品和食品營養強化劑，各種動物來源性抽提物生產功能性骨、肉提取物（骨素）、水產提取物、蛋白胨、肽等及研究開發一些高附加值的功能食品。
● 焙烤行業的應用：
中性蛋白酶可將面團的蛋白質水解成胨、肽類甚至氨基酸，從而減弱面團筋力，使它具有良好的可塑性和延伸性，保持清晰美觀的印花圖案。改善成品的光澤、使餅干斷面層次分明，結構均勻一致，口感松爽酥脆。
● 大豆分離蛋白的應用：
能水解大豆分離蛋白成小分子肽，大大提高了大豆分離蛋白的生物效價，使其易為人體消化吸收，同時還提高了溶解，降低了粘度，改善了大豆分離蛋白的功能特性。
● 酵母抽提物、酵母浸膏的生產應用
提高最終產品的蛋白質利用率及風味
● 啤酒工業：
添加中性蛋白酶分解蛋白質為多肽和游離氨基氮，特別對大麥，大豆等植物性蛋白作用效果明顯，用于啤酒生產，可排除蛋白質產生的"冷混濁"現象。
● 醫藥工業的應用：
含中性蛋白酶的藥物，可起到消炎、利膽、止痛、助消化的功效。
● 紡織工業的應用：
用中性蛋白酶處理過的羊毛，其抗張度比常規方法高，毛線手感柔軟，收縮性為0；還可用于蠶的脫膠和蠶絲的精煉。
● 皮革工業的應用：
利用中性蛋白酶可制成脫毛劑，經鞣制的皮革，脫毛干凈，粒而清晰，無明顯損傷，毛孔細致光亮。
● 飼料工業的應用：
加入飼料配方中或直接與混合飼料混合飼喂，可提高蛋白質的利用率和降低飼養成本。