本病一般發生于腫瘤、慢性消耗性疾病及大手術后應用抗生素的過程中，大多數起病急驟，病情發展迅速。發病時間最早的可在開始用藥后幾小時，但也可在停藥后3周左右，約有20%的患者在停抗生素后2～10天內起病。
1.發熱
10%～20%的患者發熱、白細胞計數升高，個別的可呈現類白血病反應樣血象。輕型患者多呈中等發熱，重型患者可出現高熱。
2.腹瀉
是本病突出的癥狀。由于黏膜炎癥及外毒素刺激損害了病變腸管的吸收功能，影響腸道對腸內容物的吸收，使腸壁向腸腔內分泌的水、鈉增加，液體滲入腸腔，造成大量腸液積聚引起腹瀉。腹瀉的程度取決于細菌的數量、毒力的大小以及患者的抵抗力。輕者一天數次稀便或十數次水樣便，停用原使用的抗生素，投有針對性的藥物后可治愈；重者出現嚴重的腹瀉，排出有腥臭味膿性黏液血便，每天可多達20～30次，每天排便量可達4000ml，甚至多達10000ml。糞便中時有血或斑塊樣假膜出現，感染金黃色葡萄球菌往往是草綠色水樣便，難辨梭狀芽胞桿菌可為黃色蛋花樣稀水便。如出現中毒性腸麻痹不能排除積聚在腸腔內的大量液體，腹瀉次數反而減少，但病情變得更加嚴重。腹瀉一般在停藥后5～8天即停止，個別可持續2～3周，甚至兩個月。腹瀉可分兩型：一為大量綠色水樣便，可類似霍亂。每天在便量4000～5000ml，致使體液大量丟失，引起脫水和電解質紊亂，再由細菌霉素和壞死組織霉素的吸收而致代謝性中毒。患者往往出現休克，此時可有少尿，甚至明功能不全的表現。另一型為黃綠色黏液便，每天3～4次，多至10余次，量少，部分有血便。
3.腹痛、腹脹
在炎癥及腸液毒素的刺激下腸管呈痙攣性收縮從而引起不同程度的腹痛，重者可很劇烈伴有早期的腸鳴音亢進。腸管蠕動功能紊亂后，不能有效地排空積聚腸內的液體和氣體導致腹脹。假膜性腸炎是在頻繁腹瀉的同時出現腹脹而不同于一般的腹瀉。嚴重者可有典型的中毒性巨結腸癥癥狀，重者有腹痛、腹脹、腸型、全腹肌抵抗和壓痛、腸鳴減弱或消失。有腸壞死、穿孔者出現彌漫性腹膜炎，全腹肌出現明顯的抵抗、壓痛反跳痛，腹脹更為明顯，全身的中毒癥狀更加重，以致陷入感染中毒性休克。有的患者出現腹水。
4.毒血癥和休克
是重癥患者晚期的表現。大量毒素吸收后出現食欲明顯減退、高熱、心動過速、精神萎靡、譫妄、定向力差、意識障礙、呼吸深促、手足發涼、血壓不穩等，最后導致肝、腎功能不全而陷入不可逆性休克。個別患者起病急驟，主要表現為高熱、嚴重腹脹、嘔血、便血，數小時內出現休克、死亡。