（一）尿路感染 變形君屬莫根菌屬和普魯菲登菌屬是常見致病菌之一。某院尿培養中約占3～10%，以奇異變形桿菌為最多見。除糖尿病病人外，感染大多發生在慢性尿路阻塞病變的基礎上，部分病人有尿路損傷性檢查或導尿史。臨床表現與其他菌所致者相似。
此外，亦可引起肺部感染，或為呼吸道的寄殖菌，痰培養中亦以奇異變形桿菌較多。
（二）敗血癥 75%病人的入侵門戶為尿路，此外則以膽道、耳、乳突小房、皮膚或腸道為原發病灶。可出現寒戰、高熱、休克及遷徙性膿腫等。
（三）腹膜炎 多繼發于內臟穿孔或腸系膜動脈栓塞后。
（四）皮膚感染 繼發于燒傷、褥瘡、靜脈曲張性潰瘍等，為本菌或本菌與其他革蘭陰性桿菌或葡萄球菌混合感染。
（五）中耳和乳突小房的感染 變形菌屬細菌可引起中耳炎和乳突炎，造成局部組織破壞，并間歇或持續排出帶惡臭的膿性分泌物，并出現傳導性耳聾。膽脂瘤性中耳炎病人合并感染時，如果膽脂瘤破壞周圍骨壁，感染可向上侵入顱中窩、向后侵入顱后窩和橫竇，引起腦膜炎、腦膿腫和橫竇血栓形成等。
（六）眼部感染 變形菌屬等亦可引起角膜潰瘍，常繼發于眼部創傷，偶可造成全眼炎和眼球破壞。