內含肽具自切割特性的這種特性而實現目標蛋白與親和標簽分離的目的。內含肽在蛋白質純化中的應用修飾后(位點特異性突變)的內含肽經誘導能夠介導N端或C端單側肽鍵斷裂。首先將編碼親和標簽、內含肽及目標蛋白的基因序列連接在一起，在合適的宿主系統中表達出一個標簽-內含肽-目標蛋白的三聯體，利用修飾后的內含肽構建的蛋白純化載體可以將目的蛋白直接融合表達于內含肽的N端或C端，幾丁質結合域(chitin binding domain，CBD，5kDa，環狀芽孢桿菌)融合表達于內含肽的另一端或內部。當這個“三元”融合蛋白復合物流經結合有幾丁質的親和純化柱時，再利用固定在樹脂上的配體吸附三聯體的標簽而截留融合蛋白，隨后在某些簡單的理化因素作用下(如pH、溫度的變化或者巰基化合物的加入)該三聯體從內含肽的N一端或者C端端發生自切割釋放目標蛋白，而此內含肽與CBD的復合物結合在親和純化柱上，目的蛋白直接洗脫下來。
傳統的親和純化方式是指利用基因融合技術將親和標簽和目標蛋白進行融合表達質，再依靠親和標簽與固定化的配體之間的特異性吸附作用實現目標蛋白的分離純化。通常情況下，通過親和層析得到的融合蛋白，需再經過蛋白酶的水解用移除親和標簽以得到純化的目標蛋白質。在實驗室規模的應用中，親和純化方式有著簡單而方便的優點，但也存在著一些缺陷。一方面，為了消除親和標簽常常需要外加蛋白酶。盡管設計之初在融合標簽與目的蛋白質之間引入了能夠被蛋白酶特異性識別并切割的連接片段， 但仍然存在著目標蛋白質被意外切割的情況：再者，后期對蛋白酶的清除過程以及蛋白酶本身較高的價格也增加了蛋白質純化的成本。另一方面，親和樹脂及緩沖液的高制造成本也進一步加大了蛋白質純化的代價， 而在大規模的生產應用中， 成本因素往往是必須考慮的一個重要方面。