吸附層析
利用吸附層析介質表面的活性分子或活性基團，對流動相中不同溶質產生吸附作用，利用其對不同溶質吸附能力的強弱而進行分離的一種方法，稱之為吸附層析。
分配層析
被分離組分在固定相和流動相中不斷發生吸附和解吸附的作用，在移動的過程中物質在兩相之間進行分配。利用被分離物質在兩相中分配系數的差異而進行分離的一種方法，稱之為分配層析。
離子交換層析
利用固定相介質表面活性基團，經化學鍵合方法，將具有交換能力的離子基團固定在固定相上面，這些離子基團可以與流動相中離子發生可逆性離子交換反應而進行分離，稱為離子交換層析。
凝膠層析
利用凝膠層析介質(固定相)交聯度的不同所形成的網狀孔徑的大小，在層析時能阻止比網孔直徑大的生物大分子通過。利用流動相中溶質的分子量大小差異而進行分離的一種方法，稱之為凝膠層析。
親和層析
在固定相載體表面偶聯具有特殊親和作用的配基，這些配基可以與流動相中溶質分子發生可逆的特異性結合而進行分離的一種方法，稱之為親和層析。
金屬螯合層析
利用固定相載體上偶聯的亞胺基乙二酸為配基與二價金屬離子發生螯合作用，結合在固定相上，二價金屬離子可以與流動相中含有的半胱氨酸、組氨酸、咪唑及其類似物發生特異螯合作用而進行分離的方法，稱之為金屬螯合層析。
疏水層析
利用固定相載體上偶聯的疏水性配基與流動相中的一些疏水分子發生可逆性結合而進行分離的方法，稱之為疏水層析。
反相層析
利用固定相載體上偶聯的疏水性較強的配基，在一定非極性的溶劑中能夠與溶劑中的疏水分子發生作用，以非極性配基為固定相，極性溶劑為流動相來分離不同極性的物質的方法，稱之為反相層析。
聚焦層析
利用固定相載體上偶聯的載體兩性電解質分子，在層析過程中所形成的pH梯度，并與流動相中不同等電點的分子發生聚焦反應進行分離的方法，稱之為聚焦層析。
灌注層析
利用剛性較強的層析介質顆粒中具有的不同大小貫穿孔與流動相中溶質分子分子量的差異進行分離的方法，稱之為灌注層析。