啟動子是一段位于結構基因5'端上游區的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之與模板DNA準確地相結合并具有轉錄起始的特異性。因為基因的特異性轉錄取決于酶與啟動子能否有效地形成二元復合物,故RNA聚合酶如何有效地找到啟動子并與之相結合是轉錄起始過程中首先要解決的問題。有實驗表明,對許多啟動子來說,RNA聚合酶與之相結合的速率至少比布朗運動中的隨機碰撞高100倍。
轉錄的起始是基因表達的關鍵階段,而這一階段的重要問題是RNA聚合酶與啟動子的相互作用：啟動子的結構影響了它與RNA聚合酶的親和力,從而影響了基因表達的水平。
為什么RNA聚合酶能夠僅在啟動子處結合呢?顯然啟動子處的核苷酸順序具有特異的形狀以便與RNA聚合酶結合,就好像酶與其底物的構相恰恰適合一樣。將100個以上啟動子的順序進行了比較,發現在原核生物的RNA合成開始位點的上游大約10bp和35bp處有兩個共同的順序,稱為-10和-35序列。這兩個序列的共同順序如下,-35區“TTGACA”,-10區“TATAAT”。大多數啟動子均有共同順序（consensus sequence),只有少數幾個核苷酸的差別。