塌陷性腎小球病光鏡下腎小球的主要改變為腎小球局灶節段性毛細血管襻塌陷、毛細血管腔變窄，甚至閉合，有時部分腎小球毛細血管襻呈球性塌陷。腎小球上皮細胞肥大、增生，肥大的上皮細胞內有粗空泡和PAS染色陽性的透明顆粒，上皮細胞可呈多核，這種顯著性改變的腎小球上皮細胞可呈鵝卵石般圍繞在腎小球毛細血管襻周圍。腎小球塌陷部分基底膜皺縮、折疊。部分患者光鏡下還可見到局灶節段硬化的腎小球、荒廢的腎小球，病變部位系膜細胞和內皮細胞消失。
免疫熒光的病理結果變化較大，有的標本腎小球內無沉積物，有的沉積物沿基底膜間斷線樣排列，有的在系膜內或沿毛細血管襻顆粒樣沉積。IgM、C1q,C3，IgA，IgG，纖維蛋白均可陽性，但IgM，C3，C1q陽性居多且常在系膜區沉積。腎小球上皮細胞內顆粒、免疫球蛋白和C3染色可呈陽性。
電鏡下的顯著特點為上皮細胞足突廣泛融合，胞漿內微絨毛樣變異。還可見到腎小球基底膜皺縮、折疊，有些上皮細胞胞漿顯著增多，胞漿內含有電子致密物。細胞核染色質呈網粒狀改變。毛細血管壁及系膜內未見免疫復合物型的電子致密物沉積，個別患者可見腎小球內皮細胞內管網狀內涵物。
塌陷性腎小球病病理表現以光鏡有診斷意義，電鏡有重要參考價值并有鑒別診斷作用。