① 具有遠距離效應。
② 無方向性。
③ 順式調節。
④ 無物種和基因的特異性。
⑤ 具有組織特異性。
⑥ 有相位性。
⑦ 某些增強子可以應答外部信號。
增強子能大大增強啟動子的活性。增強子有別于啟動子處有兩點:[1]增強子對于啟動子的位置不固定,而能有很大的變動；[2]它能在兩個方向產生相互作用。一個增強子并不限于促進某一特殊啟動子的轉錄,它能刺激在它附近的任一啟動子。首先被發現的增強子是SV40增強子。兩個增強子位于基因組的兩個串連的72bp重復中,約在轉錄起始點上游200bp處,每個72bp重復中有一個。缺失實驗顯示兩個重復缺失一個并不產生什么影響,而如兩個均缺失即將大大降低活體內的轉錄。有人發現,如果將β珠蛋白基因放在含有72bp重復的DNA分子中,它的轉錄作用在活體內將增高約200倍以上,甚至當此72bp順序位于離轉錄起點上游1400bp或下游3000bp時仍有作用。各個基因中的增強子順序差別較大,但有一個基本的核心順序(core sequence)：AAAGGTGTGGGTTTGG
增強子具有組織特異性,例如免疫球蛋白基因的增強子只有在B淋巴胞內,活性才最高。除此以外,在胰島素基因和胰凝乳蛋白酶基因的增強子中都發現了有很強的組織特異性。此外,所有的增強子中均有一段由交替的嘧啶-嘌呤殘基組成的DNA,這種DNA極易形成Z-DNA型；故有人認為在形成一小段Z-DNA后,增強子才有功能。在酵母中有類似增強子的順序,稱為上游激活順序(UAS)。UAS能向兩個方向起作用。并位于啟動子上游的任何距離處,但在啟動子下游則無作用(有別于一般的增強子)。小鼠乳腺腫瘤病毒(MMTV)DNA的轉錄可受糖類固醇激素的刺激。這個能受激素影響的順序位于轉錄起點上游約100bp處。此順序能和激素及其蛋白受體組成的復合物相結合。當將此順序放在某基因的啟動子的任一方面(即上游或下游)和各種不同的距離時,它仍能刺激該基因的轉錄。所以增強子激活作用可能是糖類固醇能調控一組靶基因的機制:糖類固醇激素進入細胞后即與其受體結合。結合作用激活受體,使其能識別存在于增強子中的共同順序,進而激活了在增強子附近能對糖類固醇起反應的基因。即當糖類固醇-受體復合物和增強子結合時,其附近的啟動子即起始轉錄。