1.腹痛
大多數慢性胰腺炎的患兒有間歇性的或慢性的腹部疼痛，原因不十分清楚，主要表現在上腹部、季肋部或臍周圍，背部亦有痛感，嘔吐與發熱并不常見。有時疼痛可以持續幾周。疼痛的程度不同，但隨著疾病的發展疼痛可逐步減輕，有些患兒甚至可以完全緩解。
2.吸收障礙和發育不良
主要是由于餐后腹痛，限制了飲食的攝取使營養供應不足。另外胰腺功能的低下影響了脂肪和蛋白的吸收。脂肪瀉多于蛋白瀉，這是由于疾病早期脂肪酶減少比蛋白酶減少明顯。雖有嚴重脂肪瀉，但脂溶性維生素吸收障礙較少見，只有維生素B12的吸收不良比較明顯。血脂和尿氨基酸均增高。
3.糖尿病
糖代謝的異常是由于胰島素和胰高血糖素的釋放受到損害，此種情況有時在疾病早期即可出現。糖尿病是青少年熱帶胰腺炎最常見的臨床表現，在鈣化型胰腺炎和酒精型胰腺炎也可見到。胰島細胞損傷致胰島素分泌減少的同時胰島周圍纖維化致循環障礙，使胰島素釋放入血減少。
4.胰腺的惡性腫瘤
對某些患兒來講，其胰腺癌的發生率有明顯增高，這種危險性的高低隨病因不同而有差異，也有可能是部分小兒慢性胰腺炎的自然轉歸。到目前遺傳性胰腺炎患兒尚無胰腺惡性腫瘤的報道。
5.其他
小兒慢性胰腺炎伴腹水的情況很少見，伴有胸腔積液就更為少見。有的可因胰酶逸入血液進入皮下，而導致皮下脂肪組織壞死，形成紅斑及結節。有的患兒可出現腹部包塊，可為胰腺的炎性包塊，也可能是假性囊腫或胰腺的良性或惡性腫瘤。