腦膿腫臨床癥狀受許多因素影響。膿腫的部位、大小及形成的速度不同可臨床癥狀有許多差異。腦膿腫的臨床表現主要包括：
1.感染中毒表現
在急性腦炎和腦膜炎期主要表現為高熱、頭痛、嘔吐、煩躁、易激惹和驚厥發作等。如并發腦膜炎則癥狀尤著，并有典型腦膜刺激征。
2.顱內壓增高癥狀
化膿期和包膜形成期主要表現為顱內壓增高癥候或局灶體征，體溫正常或有低熱。常見劇烈或持續性頭痛、噴射性嘔吐、意識障礙、脈緩、血壓升高、心率增快、視盤水腫、局灶性驚厥發作等。嬰幼兒可有頭圍增大、前囟膨隆，與成人不同嬰幼兒顱壓增高心率多變快或不規則、呼吸淺而快，而心率變慢、血壓增高并不多見。嬰幼兒一旦出現血壓增高、呼吸變慢，往往病情急劇惡化、甚至呼吸可突然停止。
3.局灶體征
取決于膿腫部位。額葉膿腫常見情感異常、淡漠或性格改變、失語；額頂葉膿腫可有對側偏癱或感覺障礙，局灶性驚厥發作常見；顳葉膿腫可有同向性偏盲和感覺性失語；小腦膿腫可見共濟失調、眼球震顫眩暈、肌張力低下等。腦內小膿腫，即直徑在1～1.5cm以下的腦膿腫，常見于頂葉，臨床表現大多輕微。多數病例以局灶性感覺或運動性癲癇發作起病，個別可有顱內壓增高表現，局灶性體征少見。