主要癥狀有吞咽困難、反流嘔吐、胸部不適或疼痛。大多數病人來就醫前很長時間就有癥狀，從幾天至多年不等。癥狀開始時可能不明顯并緩慢進展，亦可突然發生，偶可無癥狀，僅在胸部常規X線檢查及檢查呼吸道時偶然發現。
1.吞咽困難最常見的癥狀是吞咽固體及流質食物困難。開始時，癥狀間歇發作，逐日有變化，情緒緊張、快速進食或飲食的冷熱可使癥狀加重。以后每餐甚至每次吞咽時均可出現吞咽困難。病人可自行做不同動作而解除吞咽困難，如大量飲液體、用力咽空氣或站著進食等。癥狀有間歇期。因進食困難，造成心理障礙，只愿單獨進食。
2.反流嘔吐比咽下困難發生較晚，常在進餐中、餐后或臥位時發生。發病早期在進餐中或每次進餐后反流嘔吐出少量剛進的食物，此可解除食管阻塞感覺，隨疾病的進展，食管容量亦有增加，反流嘔吐次數很快減少。反流出大量未經消化及幾天前有臭味的食物。當食管擴大明顯時，可容納大量食物及液體，仰臥位時即有反流嘔吐。尤其是夜間反流嘔吐時可發生陣發性咳嗽及支氣管誤吸，發生呼吸道并發癥，如肺炎、肺膿腫及支氣管擴張等
3.胸部不適或疼痛為嚴重自發性胸骨下疼痛，可向下頜、肩及臂放射，持續幾分鐘至幾小時，常發生于疾病早期，尤其是嚴重失弛緩癥病兒，并不一定與進食有關。測壓檢查發現有高振幅收縮，可能是與食管肌發生痙攣有關。有些疼痛可因進食太快或食物卡在食管下端括約肌部時發生。對長期患病食管擴張已呈S狀的疼痛癥狀就不大明顯。
4.體重下降及貧血均因吞咽困難而影響進食，并與進食的質及量有關，可發生于疾病的任何時期，但很少因饑餓而發生死亡者。營養不良還可出現維生素缺乏癥及貧血。