（1）24小時尿液抗酸桿菌檢查 結核桿菌是抗酸桿菌中的一種。24小時尿液濃縮作直接涂片抗酸染色后作抗酸桿菌檢查，方法簡單，結果迅速，陽性率可達50%～70%，但包皮垢桿菌、草分支桿菌也是經常在尿液中存在的抗酸桿菌，因此尿液中的抗酸桿菌并不等于結核桿菌。但是反復多次的這種檢查，均能找到同樣的抗酸桿菌，并且結合臨床病史與特征的參考，對腎結核的診斷有一定的參考意義。
（2）尿結核菌培養 尿結核菌培養對腎結核的診斷有決定作用。尿液培養結核菌陽性，即可肯定腎結核的診斷。但培養時間較長，需1～2個月才能得到結果，其陽性率可高達90%。
（3）尿結核菌動物接種 尿結核菌動物接種的結果診斷腎結核的價值極高，可作為腎結核診斷的依據，其陽性率高達90%以上。但費時較長，需2個月才能得結果。
（4）尿TB-DNA-PCR 特異性、敏感性高，可檢出1-10個細菌，但假陽性率高，陰性意義較大。