APSGN的長期預后尚有爭論。有學者統計了2000年以前文獻報道的隨訪5-18年的APSGN患者，發現存在任何一項檢查異常者高達17.4%（174/998），其中蛋白尿的發生率為13.8%（137/997），高血壓的發生率為13.8%（137/998），腎功能不全的發生率較低，僅為1.3%（14/1032）。但不同的報道存在病例選擇、隨訪時間以及失隨訪率的不同，因此只能作為粗略的估計。在2000年以后，White等回顧性分析了兩次流行性APSGN的患兒，隨訪13年以上蛋白尿及鏡下血尿的發生率分別為13%和21%，明顯高于對照組無癥狀尿檢異常者的4%和7%，因此兒童時期患APSGN是成人患慢性腎臟病的高危因素。隨后另一項研究顯示了較差的隨訪結果，隨訪5年后蛋白尿的發生率為8%，高血壓及腎功能不全的發生率高達30%及8%。分析這組患者的特點，一是感染源不是A組β溶血性鏈球菌，而是獸疫鏈球菌；二是這組患者以成人為主，這兩點可能導致了隨訪結果的差異。
APSGN的預后受臨床及病理表現的影響。盡管嚴重的毛細血管內增生似乎與起病初腎功能不全程度相關，然而并不影響ESRD的發生率。免疫熒光為“花環型”可伴隨嚴重的蛋白尿，提示預后差。大量研究表明，新月體性腎炎和“花環型”免疫熒光類型者預后較其他類型差。腎病綜合征及腎功能不全亦提示預后不良。在Vogl等的研究中，98例成人APSGN，其中21.5%的患者有腎病范圍蛋白尿，隨訪過程中16%出現CRF。相反地，Wong等的報道中，66%的兒童APSGN具有腎病綜合征且8/27是新月體性腎炎，但在隨訪4-6年后，僅2例進展為ESRD，3/12出現持續性蛋白尿。因此，成人患者的預后較兒童患者差。
腎病范圍蛋白尿及花環型免疫熒光者提示預后不良，但對于這些患者是否進行干預治療仍有爭論。有學者報道了一例女性患兒，臨床表現為腎病綜合征、急性腎功能不全，病理見細胞性新月體，免疫熒光呈花環型，經甲強龍沖擊治療及血漿置換后腎功能恢復正常。此外也不乏成人新月體性及腎病綜合征APSGN，接受甲強龍沖擊治療的報道。因此目前認為，當存在預后不良的危險因素如腎病范圍蛋白尿、細胞性新月體、腎功能不全等，應接受免疫抑制治療以阻止病情的進展。但免疫抑制治療對長期預后的影響尚有待進一步的隨機對照的研究證實。
有研究指出，鏈球菌感染后新月體性腎炎的預后可能較其他新月體性腎炎好。50例伴新月體形成的患者中5例為APSGN且GFR正常，而42例其他原因新月體形成的患者中23例進展至ESRD。然而，也有學者質疑這個觀點，他們認為鏈球菌感染后新月體性腎炎與其他新月體腎炎的預后同樣很差。
此外，目前普遍接受的是流行性APSGN的預后較散發性為佳。這可能是由于散發性患者常因出現癥狀而就診，常在醫院被診斷，而流行性病例的疑診可導致大量輕型病例的發現。另外的原因可能是鏈球菌菌株和侵入方式的差別。Drachman等發現，膿皮病APSGN比咽炎APSGN預后好，并且M55菌株感染的腎炎預后良好。而Roy等發現膿皮病相關的APSGN比咽炎相關的病理改變重，但是緩解率無差別。感染的細菌種類亦可影響預后。葡萄球菌感染的患者預后較APSGN差。Srisawat等比較了鏈球菌及非鏈球菌感染后APIGN，發現兩者的完全緩解率分別為87.5%和53.6%，ESRD發生率分別為0和14%，鏈球菌感染患者的預后遠較非鏈球菌感染好。
其他因素如年齡、酗酒史及基礎疾病包括糖尿病和心血管疾病、肝病等均可影響預后。據報道，年齡>60歲的散發性APSGN患者的預后最差，可能是因為更容易形成新月體，僅約1/4的患者獲完全緩解。在西方國家，12~57%的患者存在酗酒史，酗酒是影響預后的重要因素。Keller等報道，17例酗酒的APIGN患者中9例出現慢性腎功能不全，而非酗酒的患者中無1例出現慢性腎功能不全。近年來，糖尿病逐漸成為影響APIGN預后的重要因素。約12~25%的APIGN患者同時合并糖尿病,18.2%合并糖尿病腎病的患者出現持續性腎功能損害，其中81.8%進展為ESRD。需要注意的是，金黃色葡萄球菌是主要的病原體，并常導致IgA的沉積及巨大駝峰形成。