（1）一般治療 臥床休息、消化道隔離（隔離至臨床癥狀消失，大便培養連續兩次陰性）。給予流質或半流質飲食，忌食生冷、油膩和刺激性食物。
（2）抗菌治療 因志賀菌對抗生素的耐藥性逐年增長，并呈多重耐藥性，故應根據當地流行菌株的藥敏試驗或患者大便培養的藥敏結果選擇敏感抗生素。常用的有喹諾酮類（如諾氟沙星、培氟沙星、氧氟沙星、環丙沙星），復方磺胺甲惡唑，阿莫西林、頭孢曲松、中藥小檗堿，但需要注意喹諾酮類和復方磺胺甲惡唑耐藥性增加。兒童盡量不采用喹諾酮類藥物；有肝病、腎病、磺胺過敏及白細胞減少癥者忌用復方磺胺甲惡唑。
（3）對癥治療 保持水、電解質和酸堿平衡，有失水者，無論有無脫水表現，均應口服補液，嚴重脫水或有嘔吐不能由口攝入時，采取靜脈補液。痙攣性腹痛時給予阿托品或進行腹部熱敷。發熱者以物理降溫為主，高熱時可給予退熱藥。