臨床癥狀為遷延和間歇性，少數病人可于數月內死亡。絕大多數都有體重下降、疲勞和發熱等。臨床表現的輕重程度取決于受累的器官及病程的長短。
1.消化系統
腹痛占82%，腹瀉占76%，隱性出血占64%，腹水占15%，腹部包塊占13%。腹瀉為病人的主訴，每天排便5～10次，糞便呈水樣，具有惡臭，為含有大量泡沫的脂肪瀉。肉眼血便較少，可能與繼發吸收不良而引起的低凝血酶原血癥有關。腹痛為其最常見癥狀，疼痛性質為痙攣性，疼痛部位不定。厭食較特發性脂肪瀉常見，并且可伴有急劇消瘦，繼之可導致嚴重惡病質。
2.關節
2/3以上病人有關節炎。關節炎的特征為間歇性、游走性，有時持續僅1～4周，大、小關節均可累及。受累關節表現疼痛、紅腫及局部發熱。關節炎發作以多關節炎為常見，偶有單關節發作。最常受累的關節是腕關節、膝關節，其次為掌指關節、掌跖關節、踝關節、脊柱關節、髖關節、肩關節、肘關節。少數病人可發生強直性脊柱炎，表現為下背部疼痛或脊柱運動受限。
3.眼和神經系統
可有結膜炎、角膜炎、色素膜炎、玻璃體炎、核上性眼肌麻痹與進行性腦病等。還可發生定向力障礙、記憶力消失和各種腦神經麻痹體征。這些體征包括眼肌麻痹、眼球震顫、面癱。也可出現精神障礙與行為異常。在病程后期可發生Wernick腦病。周圍神經炎表現為肢端感覺異常或過敏。
4.循環系統
部分病人可發生心瓣膜病變，可聽到二尖瓣或主動脈瓣區有收縮期雜音。三尖瓣和肺動脈瓣也可受累。當同時出現發熱時，應考慮合并細菌性心內膜炎的可能。尤其當聽到舒張期雜音或收縮期雜音性質改變時，則發生繼發性急性或亞急性細菌性心內膜炎的可能性更大。有的病人可出現心包炎或心包積液。
5.其他
半數以上病人可有不同程度的發熱、畏寒，多為間歇性低熱，少數病人可為高熱，在急性期可表現為持續性高熱。