大多數亞急性和慢性感染的患者起病隱襲，呈進行性發展。急性期以急性或亞急性起病者，大多數2周內癥狀達到高峰，主要是腦部受損征象，一般具有彌漫性腦損害的癥狀及體征。有的病例可有局灶性病變的臨床表現，精神發育遲緩。
1.前驅癥狀
發病前有上呼吸道感染或消化道癥狀，如頭痛，輕到中度發熱。部分病例在某些情況下，體溫正常，但也有惡心、嘔吐和腹瀉等癥狀。
2.精神障礙
出現率可達81%，出現在病期的各個時期，甚至于構成本病的主要臨床癥狀，以精神障礙起病的，往往與疾病高峰時的表現基本相似，而程度較輕。以精神障礙為首發癥狀者，常被誤診為精神病，因此正確識別腦炎的癥狀實為必要。
（1）意識障礙最多見，國內報道達90%，有的為首發癥狀，也可出現在其他精神癥狀之后，部分病例的意識始終是清晰的。意識障礙以嗜睡、朦朧、混濁、譫妄、錯亂狀態較多，隨著病情的加重，可有昏迷，意識障礙在早期多呈波動性，一天之中時輕時重，病情加重時，意識障礙加深并呈持續性。
（2）精神分裂樣癥狀自言自語，聯想障礙，情緒不穩，傷人毀物等精神運動性興奮。有些患者精神活動減退，情感淡漠，反應遲鈍，懶散，言語及活動減少甚至緘默不語，拒食，還可有重復及刻板言語、違拗等，呈亞木僵或木僵狀態，其中有的經過1～2天運動興奮進入木僵，有的則以木僵狀態起病，后來發展成運動性興奮，類似精神分裂癥緊張型，而言語運動興奮又類似精神分裂癥青春型。有的呈幻覺妄想狀態，幻覺以幻聽為主，個別患者內容固定、持久，甚至遷延很久，還可有不固定的關系妄想、被害妄想、疑病妄想等類似精神分裂癥妄想型，個別病例的亞木僵-木僵狀態呈周期性發作。
（3）智能障礙輕度記憶障礙，注意力渙散，錯構、虛構，甚至嚴重的癡呆狀態，部分病例記憶障礙非常突出，而且遷延較久，近記憶和機械記憶受累尤重。
3.軀體及神經系統癥狀及體征
神經系統癥狀可與前驅癥狀同時發生或間隔數天，或緊接著前驅癥狀出現。腦神經損害可見中樞性面癱，視盤水腫以及其他腦神經損害的癥狀。
運動功能障礙中，約有半數患者以癲癇發作起病，其中以大發作最多見，其次為局灶性發作和肌痙攣發作，有的患者可有多種類型發作，發生率為27%～86%。癱瘓以偏癱最多見，肌張力改變的發生率達40%～70%，多為錐體外系的。肌張力增高有易變的特點，時隱時現，時而上肢，時而下肢。腱反射亢進，少數為減弱，病理反射的陽性率達50%～80%，多為雙側性，部分患者掌頦反射和吸吮反射陽性。在疾病進展期，常出現不隨意運動。腦膜刺激征占30%～60%，大多數屬于輕度或中度，患者表現頸部稍有抵抗或克氏征陽性。
自主神經功能障礙，出汗增多是本病特征性表現之一。患者經常汗如雨下，即使在寒冬也大汗淋漓，多汗占20%左右，有的報道高達86%。出汗增加提示下丘腦受損，而且病情較重，其他有唾液分泌增多，顏面潮紅，顏面油脂增多，國內報道大小便失禁較突出，尤以尿失禁更為常見，占30%～89%，且為早期癥狀之一。臨床上尿失禁常提示是病毒感染伴發的腦炎實質受損征象，有些患者由于意識障礙而不能控制大小便，但有些患者意識清晰，依然出現小便失禁，這屬于排尿功能障礙。故推論其病變可能影響了旁中央小葉，少數可表現為尿潴留。
兒童病例亦為散發，無明顯季節性，病前1～2周可有上呼吸道感染和消化道癥狀，以昏迷、抽搐突然起病者多見，主要癥狀為意識障礙、抽搐、癲癇、尿失禁、多汗、腦顱神經損害、肢體癱瘓、不自主運動、共濟失調、病理反射陽性、腦膜刺激征陽性。有報道兒童病毒性腦炎時，全腦損害癥狀如意識障礙、抽搐或癲癇、陽性病理反射及腦膜刺激征等甚為突出。
急性單純皰疹病毒腦炎（HSE）是一種最常見的散發的急性致死性腦炎，據報道可占病毒性腦炎的10%，而且在壞死性腦炎中占20%～75%，被認為是重癥病毒性腦炎的主要原因。單純皰疹病毒腦炎分為Ⅰ型和Ⅱ型，Ⅱ型多由生殖器黏膜感染，以嬰兒多見，引起皮膚皰疹和腦炎。Ⅰ型則從口腔黏膜感染，通過嗅神經和三叉神經進入腦內，病變以顳葉和額葉為重，此型以成人為多。