1.斑疹傷寒—DNA探針（DNA Probe） DNA探針是用DNA制備的診斷試劑，用于檢測或鑒定特定的細菌，方法是用一段已標記的特定的DNA片段（探針）與標本中已變性的細菌DNA雜交，通過測定是否發生雜交反應來達到檢測目的，由于此探針是以細菌專有的特異性基因片斷制備，故特異性很高。用DNA探針對培養所得的傷寒桿菌進行檢測，敏感性需標本中達1000個細菌才能檢出。DNA Probe的特異性高而敏感性低，一般用于菌種鑒定及分離。
2.斑疹傷寒—聚合酶鏈反應（PCR） PCR方法是80年代中后期發展起來的一種分子生物學方法，它能在數小時內在體外將目標基因或DNA片段擴增到數百萬倍，檢出率較DNA探針高100～10000倍，國外Jae HS等用PCR方法擴增傷寒的鞭毛抗原編碼基因，敏感度能檢出10個傷寒菌，特異性為100%，PCR方法因其高度敏感，易出現產物污染，所以控制PCR方法的假陽性及假陰性，是提高準確度的關鍵。