新生兒柯薩奇病毒感染的潛伏期可有很大差異，一般在生后7～14天。經宮內垂直感染者多在生后5天內發病，生后感染者多在5天后發病。潛伏期長短也與不同血清型、新生兒個體因素（胎齡、日齡、免疫狀況等）有關。輕型新生兒CVB感染可無明顯臨床表現，而嚴重者可侵犯多臟器系統，甚而致死。CVB的不同血清型感染，可有相似的臨床表現；而同一血清型的不同個體感染，其臨床表現可有很大差異。
1.發熱及敗血癥樣表現
多數患兒起病急劇，出現發熱，體溫多在38℃以上，熱型不規律，持續數天甚至10余天后逐漸恢復。發熱期間可伴有激惹、吃奶少、嘔吐、腹瀉等神經、消化系統癥狀，隨著體溫恢復而好轉，多數自愈。中、重度病例急期伴有敗血癥樣全身表現，發病1～2天后可出現休克、黃疸、肝脾大、呼吸困難、抽搐，甚而有DIC、肺出血、心力衰竭、呼吸衰竭，急劇死亡。
2.心血管系統表現
此型多為CVB2～4感染，主要表現嚴重的心肌損害。此型多在生后5～9天發病，可先有發熱、神萎、腹瀉、拒乳，數天后出現心肌炎體征，如心動過速、心臟擴大、奔馬律、面色蒼白、呼吸困難、血壓下降等心力衰竭或心源性休克表現。心電圖顯示低電壓、T波低平或倒置、P-R間期延長及各種心律失常。超聲檢查可有廣泛心肌損害。如病情進展迅速，可危及生命。部分病例有驚厥、昏迷和肝損害者又稱為腦-肝-心肌炎，此型病情危重。
3.多臟器系統功能損害
新生兒CVB的暴發流行感染的中、重型病例常伴有心、腦、肺、肝、腎、血液各系統多臟器損害，甚而出現多臟器功能衰竭（MOF）。中樞神經系統損害除昏迷、抽搐外，可有前囟張力增高、肌張力改變、反射異常等。腦脊液蛋白增加，糖、氯化物正常，細胞數一般在500/mm3以下。多數資料報道神經系統損害多在7～10天恢復。消化系統損害以胃腸道癥狀和肝損害為特征，可有腹脹、惡心、嘔吐、肝脾腫大、肝功能障礙、谷丙轉氨酶（ALT）增高、黃疸。腎損害表現尿少、無尿、水腫、血尿、蛋白尿、氮質血癥等急性腎功能衰竭表現。肺損害主要為肺炎和肺出血。臨床可有呼吸困難、發紺、肺內啰音，胸片顯示肺紋理增強、斑片狀陰影。血液系統損害包括出血傾向、皮膚出血點、淤斑以及血小板計數下降和DIC改變。