次氯酸一般用作漂白劑、氧化劑和消毒劑。
含有次氯酸根的鹽被稱為次氯酸鹽。最廣為人知的一種家用次氯酸鹽消毒劑是次氯酸鈉（NaClO）。次氯酸具有強氧化作用和漂白作用，它的鹽類可用做漂白劑和消毒劑，次氯酸鹽中最重要的是鈣鹽，它是漂白粉（次氯酸鈣和堿式氯化鈣的混合物）的有效成分。漂白粉可由氯氣和消石灰反應而制得：3Ca(OH)?+2Cl?=Ca(ClO)?+CaCl?·xCa(OH)?·yH?O+H?O，在放置漂白粉的地方具有氯氣的氣味，是因為有一氧化二氯放出的緣故。
在生物學系統中，次氯酸可被視為白細胞例如中性粒細胞和單核細胞產生的毒性最強、豐度最高的氧化劑。次氯酸作為一種極強的氧化劑，可迅速攻擊多種生理學相關的分子，包括硫醇、硫醚、胺類、氨基酸、核苷酸、抗壞血酸和多烯酸 。同時，次氯酸可生成反應性非常高的其他氧化劑，例如與H2O2和超氧陰離子反應可分別生成單線態氧和羥基自由基 。
次氯酸作為消毒劑，被廣泛用于物體表面、織物等污染物品以及水、果蔬和食飲具等的消毒。除上述用途外，次氯酸還可用于室內空氣、二次供水設備設施表面、手、皮膚和黏膜的消毒。