鑒于本病起病后病情進展迅速，病死率極高，因此對臨床擬診病例，應仔細監護，認真觀察呼吸、心率和血壓等情況。由于本病在阿根廷暴發流行時，流行病學研究曾提示存在著人與人之間傳播，因此患者應嚴密隔離。發病后應早期臥床休息，適當補充水分，可靜脈滴注平衡鹽注射液和葡萄糖鹽水，高熱患者以物理降溫為主，亦可給予糖皮質激素靜脈滴注。鑒于漢坦病毒HTNV 和SEOV 型感染的腎綜合征出血熱，早期應用利巴韋林抗感染治療有效，因此美國CDC 批準本病早期亦可以試用利巴韋林。新近美國利巴韋林研究組總結了1993 年6 月～1994 年9 月利巴韋林治療HPS 效果，30病確診HPS 患者病死率為47%(14/30)，與同期未進入研究的34 例HPS 患者相對比，不能提示利巴韋林有明顯效果。因而認為需要一種隨機、安慰劑作對照的試驗來評價利巴韋林治療HPS 的效果。
其次是對癥治療：臨床上出現呼吸困難或低血氧時，應及時給氧，可用鼻管或面罩吸氧。患者煩躁時給予鎮靜藥。若病情加重或吸氧無效，動脈血氧持續低于8.0 kPa(60mmHg)以下，應及時改用機械通氣。應用人工呼吸機進行呼氣末正壓呼吸，直到臨床癥狀好轉。此外主張應用大劑量糖皮質激素，以降低肺毛細血管通透性，緩解支氣管痙攣，刺激Ⅱ型肺泡細胞合成和分泌肺表面活性物質，減輕肺泡萎縮。可應用地塞米松30～60mg/d，靜脈滴注。
出現低血壓休克時，應及時補充血容量，可應用平衡鹽注射液，右旋糖酐40、甘露醇或人血白蛋白(白蛋白)。擴容期間應密切觀察血壓變化，調整輸液速度，若經補容后血壓仍不能維持者，應注意糾正酸中毒，必要時應用血管活性藥如多巴胺等靜脈滴注。血壓正常后仍需維持輸液24h 以上。
新近Crowleg 等報告，對3 例伴有嚴重心肺功能衰竭的患者，進行體外模式人工氧合法(extracorporeal membrane oxygenation，ECMO)治療。此3 例患者至少符合很難存活標準中的兩項，同時是應用最佳常規治療失敗的患者。第1 例是在心跳停止時應用ECMO 治療，結果死亡。另2 例接受ECMO 治療后存活，沒有并發癥發生。認為ECMO 是對漢坦病毒肺綜合征極期患者的一種有效治療手段。有條件的單位，可以試用。
出現少尿和腎衰竭者，應限制入水量，每天進水量為前1 天的出量(尿量+嘔吐量)+700 ml。除應用5%碳酸氫鈉注射液糾正酸中毒外，主要輸注高滲葡萄糖注射液，以補充能量，降低體內分解代謝，控制氮質血癥的升高。此外，可應用呋塞米靜脈注射以促進利尿，若少尿持續4 天或無尿24h 以上，且尿素氮>28.56mmol/L 者可以考慮進行血液透析治療。