1.胃腸道病變
潰瘍性結腸炎的特征是彌漫性淺表黏膜的潰瘍，臨床上典型地表現為左下腹部痙攣性疼痛，復發性黏液便或膿血便，或表現為腹瀉或水樣便，易出現脫水、電解質紊亂、中毒性巨結腸、發熱、食欲減退、體重減輕、貧血等表現，長期慢性潰瘍性結腸炎的患者，特別是兒童患者易發生結腸癌。
Crohn病的特征是出現非干酪樣壞死性肉芽腫，臨床上典型地表現為右下腹部絞痛，伴有腹瀉或便秘，經常有惡心、嘔吐、右下腹部腫塊、發熱、體重減輕、貧血等表現，個別患者可出現腸道狹窄、腹腔內膿腫、腰大肌膿腫、肛周瘺管、肛周膿腫等并發癥。
2.眼部病變
炎癥性腸道疾病患者中1.9%～23.9%出現眼部損害，主要表現為葡萄膜炎、鞏膜外層炎、鞏膜炎和角膜炎，此外尚可引起眼眶炎性假瘤、球后視神經炎等。
（1）葡萄膜炎 葡萄膜炎是炎癥性腸道疾病最常見的眼部病變，報道有高達17%的炎癥性腸道疾病患者發生葡萄膜炎。另報道，潰瘍性結腸炎患者中發生葡萄膜炎者約占14%，Crohn病患者中發生葡萄膜炎者約占8%。葡萄膜炎通常發生于腸道病變之后，但在少數患者也可發生于腸道病變之前。葡萄膜炎常累及雙眼，但雙眼炎癥通常是先后出現和交替復發。
（2）鞏膜炎或鞏膜外層炎 鞏膜受累是炎癥性腸道疾病的另一種常見的眼部病變，女性易發生此種眼部病變。可表現為急性鞏膜外層炎和急性鞏膜炎兩種類型。鞏膜外層炎累及單側，也可累及雙側，可以是結節性炎癥，也可為彌漫性炎癥。鞏膜外層炎與腸道病變的活動性有密切的關系，它幾乎均見于Crohn病，常于腸道病變出現數年后發生，易發生于有關節炎和其他全身性改變（如貧血、皮膚病變、口腔潰瘍、肝膽疾病）的患者。鞏膜炎在炎癥性腸道疾病患者中的發生率為2.06%～9.67%，可表現為結節性、壞死性或彌漫性。鞏膜炎可反復發作，嚴重者可出現鞏膜軟化甚或穿孔，也常引起葡萄膜炎。鞏膜炎也多見于有關節炎和其他全身性病變的患者，多發于腸道疾病惡化時。
（3）結膜炎 結膜炎也是炎癥性腸道疾病的一個常見眼部表現，可同時伴有葡萄膜炎、角膜炎及角膜基質炎。
（4）角膜病變 比較少見，可伴有或不伴有鞏膜炎。可表現為兩種類型，一種是上皮或上皮下灰白色點狀浸潤，另一種為上皮下或前基質層出現片狀浸潤。病變多出現于周邊角膜，嚴重者可引起角膜潰瘍。
（5）其他 眼眶炎性假瘤是一個少見的眼部病變，多見于女性；其他尚可出現眼外肌麻痹、眼眶炎、眶蜂窩織炎等。
3.關節炎
關節炎是炎癥性腸道疾病的一個常見表現，主要表現為兩種類型，一種為周圍型關節炎，另一種為骶髂關節炎和脊椎炎。
周圍型關節炎通常于腸道病變發生半年至數年后出現，在少數患者關節炎可先于腸道病變或與其同時出現。關節炎多呈急性發作，表現為單關節炎或少關節型關節炎，任何關節均可受累，但以膝、踝關節受累最為常見。關節炎常表現為關節紅腫疼痛，可呈游走性，炎癥一般持續1～2個月，少數可持續1年以上，一般不遺留永久性的關節損害。關節炎與腸道病變多有密切的相關性，并多見于有其他全身性病變（如皮膚病變、口腔潰瘍、葡萄膜炎等）的患者。在潰瘍性結腸炎患者，結腸受累者比僅有直腸受累者易發生關節炎。在Crohn病患者，結腸受累者比小腸受累者易發生關節炎。
骶髂關節炎和脊椎炎發生率與周圍型關節炎發生率大致相似，其臨床表現與強直性脊椎炎所致者相似，其進展與腸道病變無明顯的聯系，出現此種關節炎的患者多為HLA-B27抗原陽性，易發生葡萄膜炎，尤其易發生急性非肉芽腫性前葡萄膜炎。
4.其他改變
（1）皮膚病變 炎癥性腸道疾病所引起的皮膚病變主要表現為兩種類型，一種為結節性紅斑，另一種為壞疽性膿皮病。這些皮膚病變主要是由小血管的血管炎所引起的。
（2）口腔潰瘍 此種疾病也可引起口腔潰瘍，但發生率低，約4.9%，表現為疼痛性的口腔潰瘍。
各種腸炎可根據糞便的特殊表現，空腸活檢結果以及證明有PAS陽性的細胞顆粒。診斷時要排除其他特異性腸炎。