抗原存儲庫效應
在機體局部注射抗原后，佐劑將過多的抗原募集并儲存，并緩慢連續釋放，通過這種方式使抗原連續刺激時間延長，從而提高抗體效價，提高機體免疫應答效果，如脂質體佐劑等。
使細胞因子和趨化因子表達上調，于注射位點募集免疫細胞
細胞因子是指由機體細胞經刺激而合成、分泌的一類小分子蛋白質。它具有廣泛生物活性，很低的水平就可以表現出生物學活性，是細胞間信號傳遞分子， 其通過結合相應的受體調控免疫應答。趨化因子是指能夠將白細胞遷移到感染部位的一些低分子量(多為8 ～ 10kDa) 的蛋白質( 如 IL-8、MCP-1 等)。在免疫應答中，細胞因子和趨化因子扮演著重要的角色，上調細胞因子和趨化因子表達能夠使機體的免疫效應增強，如微生物類佐劑、MF59 等。
增加抗原的表面積
一些抗原體積小、相對分子質量低，不足以誘導免疫應答，佐劑通過將其包裹，增加了抗原的分子量及表面積，從而增強了抗原的免疫原性，如油乳佐劑等。
載體作用
一些佐劑可以起載體的作用，將抗原包裹，避免抗原被酶降解，從而可以連續釋放抗原，增加抗體效價，如鋁佐劑等。
促進樹突狀細胞的活化與成熟，使抗原提呈增強
樹突狀細胞( dendritic cell，DC) 是機體功能最強的專職抗原提呈細胞( antigen presenting cell，APC) ，它可以有效地攝取、加工處理和提呈抗原。某些佐劑可以促使樹突狀細胞活化成熟，從而使抗原提呈加強，增強機體的免疫應答，如油乳佐劑等。
激活炎性小體
炎性小體( inflammasome) ，又稱炎癥小體，是由多種蛋白質組成的復合體，是天然免疫系統的重要組成部分，分子量約為 700kDa。炎性小體能夠調節胱冬肽酶-1( caspase-1) 的活化進而在天然免疫防御的過程中促進細胞因子前體 pro-IL-1β 和 pro-IL-18 的切割成熟［46］。炎性小體還能調節 caspase-1 依賴的形式編程性細胞死亡，誘導細胞在炎性和應激的病理條件下死亡，如鋁佐劑等。