阿米巴的致病是蟲體和宿主相互作用，并受多種因素影響的復雜過程。溶組織內阿米巴的的侵襲力主要表現在對宿主組織的溶解性破壞作用。過去已證明阿米巴具有多種蛋白水解酶的活性，但一直未能分離成功。70年代初期，實驗證明生活的滋養體對宿主細胞的破壞作用具有接觸溶解（contact lysis）的特點，對痢疾阿米巴酸性磷酸酶的細胞化學分析，表明其活性物質存在于質膜和食物泡膜之中，因而提出“膜結合酶”（membrane bound enzyme）的論點。另外從痢疾阿米巴活體中提取有水解明膠、酪蛋白、纖維蛋白、血紅蛋白等物的酶。實驗與電鏡觀察表明，滋養體不僅能吞噬紅細胞，而且還能觸殺白細胞。Lushbaugh等（1979）還在阿米巴原蟲的可溶性提取物中分離到一種腸毒，具有細胞毒素特性，在阿米巴痢疾發病中也起重作用。
阿米巴的蟲株問題，近代研究表明，阿米巴的毒力有遺傳性，但毒力強度隨蟲株而異。阿米巴痢疾發病率高的熱帶地區蟲株，由于長期適應組織內寄生，故具有較強的毒力；而寒帶、溫帶地區蟲株毒力較弱，帶蟲者較多。但蟲株的毒力并非固定不變，可以通過動物傳代而增強，亦可在長期離體培養后而減弱，但若再經動物接種又使毒力提高。毒力的出現雙與腸腔內伴隨的細菌有著互相關系。曾有人以自身作實驗，表明單純吞食洗干凈的無力痢疾阿米巴包囊，只發生帶蟲狀態，隨后再吞服患者的腸道細胞就發生了痢疾。這種促成致病的協同作用，很可能因細菌能提供阿米巴增殖與活動的理化條件，例如造成適宜的氧化還原電位和氫離子濃度等，同時細菌還可能削弱宿主的全身或局部抵抗力，甚至直接損害腸粘膜，為阿米巴侵入組織提供可乘之機。
宿主的免疫狀況對阿米巴能否侵入組織也重要作用，痢疾阿米巴必須突破宿主的防衛屏障，才能侵入組織繁殖，臨床和實驗資料都表明因營養不良、感染、腸功能紊亂、粘膜損傷等因素使宿主全身或局部免疫功能低下，均有利于阿米巴對組織的侵襲。在低營養標準的人群或實驗動物中，阿米巴的發病率和病理指數均顯著高于平衡飲食者，且不易為藥物控制；傷寒、血吸蟲、結核等腸道或全身感染的患者易罹患阿米巴病，得病后也不易治愈。
溶組織內阿米巴大滋養體，侵襲腸壁引起阿米巴病，常見的部位在盲腸，其次為直腸、乙狀結腸和闌尾，橫結腸和降結腸少見，有時可累及大腸全部或一部分回腸。