1.潛伏期
潛伏期5～21天，一般7～14天。
2.分期
典型患者全病程6～8周，臨床病程可分為3期：
（1）卡他期 從發病開始至出現痙咳，一般1～2周。開始癥狀類似感冒，除咳嗽外，可有流涕、噴嚏、低熱，也可只有干咳。當其他癥狀逐漸消失時，咳嗽反而加重，日輕夜重，漸呈痙咳狀。
（2）痙咳期 一般為2～4周或更久（數天至2個多月）。陣發性、痙攣性咳嗽為本期特點。發作時咳嗽成串出現，咳十余聲或數十聲，直到咳出痰液或吐出胃內容物，緊跟著深長吸氣，發出雞鳴樣吸氣吼聲。咳嗽劇烈時，可有大、小便失禁，雙手握拳屈肘、雙眼圓睜、面紅耳赤、涕淚交流，頭向前傾、張口伸舌、唇色發紺等，表情極其痛苦。輕者一日數次，重者一日數十次，以夜間為多。當奔跑、進食、受涼、煙熏、哭吵等均可誘發。發作前一般無明顯預兆。
（3）恢復期 一般1～2周，咳嗽發作次數減少，程度減輕，不再出現陣發性痙咳。但若遇到濃煙等刺激，或有呼吸道感染時，可以重復出現陣發性痙咳。
3.新生兒和幼嬰兒百日咳
新生兒和幼嬰兒常無典型痙咳，往往咳嗽數聲后即出現屏氣發紺，易致窒息、驚厥。呼吸動作可停止在呼氣期，心率先增快，繼而減慢乃至停止。若不及時行人工呼吸、給氧等積極搶救，可窒息死亡。
4．成人百日咳
近年來青少年和成人百日咳有增多趨勢。一組經細菌培養證實的成人百日咳，平均年齡為35歲，有典型癥狀與痙咳后嘔吐，但也可僅有數周干咳，罕有并發癥。多數患者仍可堅持工作，本人雖無多大痛苦，但可作為傳染源，尤其威脅小兒，應予重視。