（1） 防治感染，去除誘因：對上呼吸道感染等前驅癥狀應積極治療。對孤立性或反復發作性肉眼血尿患者，必要時可行扁桃體摘除術。
（2） 對癥處理：包括利尿、控制血壓等。
（3） 減少蛋白尿，保護腎功能：可用血管緊張素轉換酶抑制劑 (ACEI) 或血管緊張素受體拮抗劑（ARB）。注意定期監測血壓和腎功能。
根據臨床表現和病理改變進行治療
（1） 臨床表現為單純血尿、病理改變僅有輕度系膜增生的 MsPGN患者，其預后良好，一般無需特殊治療，應避免上呼吸道感染，控制血壓，以免加速疾病的進展。
（2） 對于臨床表現為腎炎綜合征，病理改變為輕度到中度系膜增生的 MsPGN患者，首先使用 ACEI/ARB進行治療。對于臨床表現為腎病綜合征者，根據病理輕重不同采用不同的治療方案，酌情使用激素或合用免疫抑制劑，以減少蛋白尿、減輕腎臟病理改變。
（3） 合并有高血壓及慢性腎功能不全的 MsPGN患者，其病理改變多為重度系膜增生，并伴有系膜硬化或腎小球硬化、腎小管萎縮、間質纖維化，其對激素治療的反映不佳，預后較差。此類患者應嚴格控制血壓，應用 ACEI/ARB藥物及抗凝或抗血小板治療，按照慢性腎炎進行治療，以保護腎功能、延緩腎病進展為主。
預后主要和臨床表現、腎臟病理改變程度以及對治療的反應有關。大多數病理表現較輕的 MsPGN患者預后較好，對治療的反應良好，但部分患者容易復發。就診時有高血壓、腎功能損害，持續大量蛋白尿且對激素治療不敏感，以及腎臟病理改變為重度系膜增生伴硬化者，預后較差。