纖維肌痛綜合征多見于女性，最常見的發病年齡為25～60歲。其臨床表現多種多樣，但主要有下述4組癥狀。
1.主要癥狀
全身廣泛性肌肉疼痛和廣泛存在的壓痛點是所有纖維肌痛綜合征病人都具有的癥狀。疼痛遍布全身各處，尤以中軸骨骼（頸、胸椎、下背部）及肩胛帶、骨盆帶等處為常見。其他常見部位依次為膝、手、肘、踝、足、上背、中背、腕、臀部、大腿和小腿。大部分病人將這種疼痛描寫為鈍痛，痛得令人心煩意亂。病人常自述有關節痛，但沒有關節腫。
另一現象是在一些特殊部位存在的壓痛點，這些壓痛點存在于肌腱、肌肉及其他組織中，往往呈對稱性分布。用一定的力量按壓這些壓痛點時，患者會感受到疼痛，而在正常人則不會出現疼痛。
2.常見癥狀
本組癥狀包括睡眠障礙、疲勞晨僵、認知功能障礙。約90%的病人有睡眠障礙，表現為失眠、易醒、多夢、精神不振，但纖維肌痛患者的睡眠障礙有二個重要的特點，第一是即使睡眠時間能夠達到同年齡正常人的睡眠時間，但患者的精神和體力并不會得到恢復，一些患者甚至會訴說睡眠后比不睡的時候還累，另一個特點是入睡困難。50%～90%的病人有疲勞感，約一半病人的疲勞癥狀較嚴重，這種乏力與運動量多少沒有關系。 76%～91%的病人會出現晨僵現象。大多數患者還會出現認知功能障礙，表現為記憶力減退、注意力不容易集中、說話的流利程度比如以前、計算能力下降；一些患者還會感到全身發僵。
3.其他癥狀
一些患者會出現關節、關節周圍疼痛、腫脹，但不會看到明顯的關節腫。其他癥狀還有頭痛、腸或膀胱激惹綜合征。腸激惹綜合癥的患者容易出現腹痛、腹瀉與便秘交替，但胃腸道檢查沒有異常發現；膀胱激惹的患者會出現尿頻、尿急，但尿液和膀胱以及腎臟檢查都沒有異常。一些患者還會出現疼痛。患有纖維肌痛的患者通常還會出現一些心理異常，包括抑郁和焦慮。此外，病人勞動能力下降，約1/3的病人需改換工種，少部分人不能堅持日常工作。以上癥狀常因天氣潮冷、精神緊張、過度勞累而加重。
4.合并其他疾病的癥狀
一些纖維肌痛綜合征患者可同時患有某種風濕病。這時臨床癥狀即為兩者癥狀的交織與重疊。