MNGIE患者臨床表現復雜多樣，嬰兒至老年人均可發病，20歲之前起病者占60%，首發癥狀為胃腸道癥狀占45%-67%，眼外肌麻痹占13%-26%，與胃腸道癥狀同時出現占4%，周圍神經病占8%-13%。其它少見癥狀以惡病質起病占4%-10%，聽力障礙起病占4%-10%。其臨床特點為:
胃腸運動障礙及惡病質
所有的MNGI患者均出現胃腸道癥狀，主要由神經肌肉及自主功能障礙所致，癥狀緩慢進展，從喉到小腸均可受影響，癥狀表現為厭膩、惡心、吞咽困難、胃食管反流、餐后嘔吐、腹脹、陣發性腹痛、腹瀉，假性腸梗阻及胃輕癱等。少數患者可合并嚴重的肝病。MNGIE患者體型消瘦，肌容積減少，平均體重下降15kg，少數患者身材矮小。
眼肌麻痹
大部分的患者合并眼瞼下垂，眼球活動受限，癥狀緩慢進展且常不合并復視，可能患者本人并未意識到，而由家屬發現。少數患者合并視網膜色素變性及視神經萎縮。
周圍神經病
見于所有的MNGIE患者，主要表現為輕度的肢體無力及手套、襪套樣感覺異常，如麻木、針刺感等，下肢常重于上肢，偶可見到單側或雙側的足下垂、爪型手等。
白質腦病
多數患者明顯的白質腦病而癥狀輕微，常表現為視空間能力、注意力、抽象能力及靈活性輕度受損，少見全面性智力發育遲滯及癡呆。
其它系統癥狀
貧血、早期感音性耳聾、身材矮小、自主神經紊亂(如直立性低血壓)、膀胱功能障礙等。