肉毒桿菌在自然界分布廣泛，土壤中常可檢出，偶亦存在于動物糞便中。根據所產生毒素的抗原性不同，肉毒桿菌分為A、B、Ca、Cb、D、E、F、G這8個型，能引起人類疾病的有A、B、E、F型，其中以A、B型最為常見。
人體的胃腸道是一個良好的缺氧環境，適于肉毒桿菌居住。肉毒桿菌屬于厭氧菌，嚴格厭氧，在胃腸道內既能分解葡萄糖、麥芽糖及果糖，產酸產氣，又能消化分解肉渣，使之變黑，腐敗惡臭。在厭氧環境中，此菌能分泌強烈的肉毒毒素，能引起特殊的神經中毒癥狀，致殘率、病死率極高。
肉毒桿菌芽胞抵抗力很強，干熱180攝氏度5~15分鐘，濕熱100攝氏度5小時，高壓蒸氣121攝氏度30分鐘，才能殺死芽胞。肉毒毒素對酸的抵抗力特別強，胃酸溶液24小時內不能將其破壞，故可被胃腸道吸收，損害身心健康。