尿路感染為糞腸球菌所致感染中最為常見的，絕大部分為院內感染。據報道16%的院內尿路感染由腸球菌引起，僅次于大腸桿菌居第2位[1]。其發生多與留置導尿管、其他器械操作和尿路結構異常有關[3]。一般表現為膀胱炎、腎盂腎炎，少數表現為腎周圍膿腫等。
腹腔、盆腔感染在腸球菌感染中居第2位。腹腔、盆腔感染中腸球菌的檢出率為7.6%，低于大腸桿菌（19.7%）和脆弱擬桿菌（10.7%）居第3位，常系與后兩者之一的混合感染。由于在這些部位腸球菌為正常寄殖菌之一，其致病作用較難評價。但抗感染治療若不覆蓋腸球菌并尋其清除，有時會無效。
敗血癥在腸球菌感染中居第3位。院內感染敗血癥中腸球菌所致者占8%，低于凝固酶陰性葡萄球菌（26%）和金黃色葡萄球菌（16%）居第3位，其中87%為糞腸球菌、9%為尿腸球菌、4%為堅韌腸球菌。入侵途徑多為中心靜脈導管、腹腔、盆腔化膿性感染、泌尿生殖道感染、燒傷創面感染等，相關危險因素為腫瘤，中性粒細胞減少，腎功能不全，糖尿病，應用腎上腺皮質激素，對腸球菌無抗菌活性的廣譜抗生素如頭孢菌素，外科手術、燒傷、多發性創傷，重癥監護室及新生兒監護室等。病死率12.6%～57%。
心內膜炎約5%～20%的心內膜炎由腸球菌引起，為引起心內膜炎的第3位病原菌，其中93%為糞腸球菌、5%為尿腸球菌、2%為堅韌腸球菌。在院外敗血癥中約1/3合并有心內膜炎，而院內敗血癥僅1%合并心內膜炎。多種菌敗血癥合并心內膜炎者較單一腸球菌顯著為少。腸球菌心內膜炎患者中28%～77%在基礎心瓣膜疾患。致病菌最多來自泌尿生殖道，占14%～70%，胃腸道來源占3%～27%，牙科手術占2%～12%，不明來源者占19%～47%。起病多呈亞急性，其臨床表現與其他心內膜炎相似。病死率20%～40%。
腦膜炎腸球菌腦膜炎罕見。一項32例腸球菌腦膜炎的研究顯示，成人及8歲以下兒童各占50%。小兒患者占主要地位的基礎中樞神經系統病變主要為神經發育缺陷或腦積水，原發性腦膜炎25%發生在小兒，且大多數為新生兒。絕大多數成人患者同時存在慢性基礎疾患，并接受免疫抑制治療，約1/3以上患者有中樞神經系統損傷或手術，1/3以上患者有中樞神經系統外腸球菌感染。病死率13%。
其他腸球菌還可引起外科傷口、燒傷創面、皮膚軟 組織及骨關節感染。雖然痰或支氣管分泌物中經常分離到腸球菌，但該菌很少引起呼吸道感染；亦很少引起原發性峰窩織炎。有文獻報道，在老年人和重癥監護室患者，腸球菌也可引起肺炎。
美國院內感染監測資料顯示腸球菌為院內感染的第2位病原菌，其檢出率僅次于大腸桿菌，超過銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌。