健康人的胃腸道內寄居著種類繁多的微生物,這些微生物稱為腸道菌群。在人類胃腸道內的細菌可構成一個巨大而復雜的生態系統,一個人結腸內就有400個以上的菌種。 [3]
從口腔進入胃的細菌絕大多數被胃酸殺滅,剩下的主要是革蘭氏陽性需氧菌。胃內細菌濃度<10 3 CFU/ML（CFU即colony forming unit菌落形成單位）。
小腸菌群的構成介于胃和結腸之間。近端小腸的菌叢與胃內相近,但常能分離出大腸桿菌和厭氧菌。在遠段回腸,厭氧之間。
近端小腸的菌叢與胃內相近,但常能分離出大腸桿菌和厭氧菌。
遠段回腸,厭氧菌的數量開始超過需氧菌,其中大腸桿菌恒定存在,厭氧菌如類桿菌屬、雙歧桿菌屬、梭狀芽胞桿菌屬,都有相當數量。
在回盲瓣的遠側,細菌濃度急劇上升,結腸細菌濃度高達10.11 ～10.12 CFU/ml,細菌總量幾乎占糞便干重的1/3。其中厭氧菌達需氧菌的10.3 ～10.4 倍。主要菌種為糞桿菌屬、雙岐桿菌屬和真桿菌屬。