主要針對如何清除沉著于肺泡內蛋白樣物質。近年來用雙腔氣管導管（Carlen導管）或纖支鏡作一側肺或肺葉的生理鹽水灌洗，定期交替進行。近期療效顯示患者呼吸困難和肺功能均有改善，半數患者X線胸片可變清晰。遠期效果則多數保持緩解狀態，少數患者復發，常在6－24個月內，可再作肺灌洗。
肺泡蛋白沉著癥(Pulmonary alveolar proteinosis，PAP)是一少見呼吸病，以肺泡及終末呼吸性細支氣管內沉著大量的表面活性蛋白及脂質為特征。根據發病，可將其分為原發性PAP 與繼發性PAP兩類。繼發性PAP的治療原則為治療原發病。