肺部真菌感染臨床表現無特異性，診斷根據侵襲性肺真菌病分級（3級）診斷標準，分為確診、臨床診斷、擬診。確診只需具備組織學或無菌體液檢測確定的微生物學證據（涂片和培養），不涉及宿主因素。臨床診斷需綜合考慮宿主因素、臨床特征、微生物學證據3部分。擬診是符合宿主因素、臨床特征，缺乏微生物學證據者。免疫學檢測血清中細胞壁成分（1，3）-β-D-葡聚糖抗原檢測（G試驗）、半乳甘露聚糖抗原檢測（GM試驗）陽性有重要的輔助診斷價值。
