超出3/4的淀粉樣變患者有腎臟病的表現，光鏡早期僅見腎小球有淀粉樣物質沉枳，晚期可見淀粉樣物質廣泛沉積于腎小球毛細血管基底膜，基底膜增厚并可閉塞，腎小球荒廢使腎小球形成無結構的淀粉樣團塊，腎小管基底膜、腎間質及小動脈也可見淀粉樣物質沉積，HE染色呈淺粉色團塊剛果紅染色呈磚紅色團塊，電鏡可見直徑5～10nm、無分支、僵硬的束狀淀粉樣纖維絲呈雜亂排列。免疫熒光見免疫球蛋白IgG、IgM、補體C3等陽性。血清免疫熒光及免疫組化檢査可見抗鏈蛋白k、抗輕鏈蛋白X或抗AA抗體陽性，具有診斷和鑒別診斷價值。腎臟受累者的臨床表現分4期。
（1）臨床前期 無任何自覺癥狀及體征，化驗亦無異常，僅腎活檢方可作出診斷。此期可長達5～6年之久。
（2）蛋白尿期 見于76%患者。蛋白尿為最早表現，半數以上者主要為大分子量、低選擇性蛋白尿，程度不等。蛋白尿的程度與淀粉樣蛋白在腎小球的沉積部位及程度有關，可表現為無癥狀性蛋白尿，持續數年之久。鏡下血尿和細胞管型少見。伴高血壓者占20%～50%，直立性低血壓是自主神經病變的特征表現。
（3）腎病綜合征期 大量蛋白尿、低白蛋白血癥及水腫，高脂血癥較少見，少數僅有長期少量蛋白尿。腎靜脈血栓是腎病綜合征之最常見并發癥，大多起病隱匿，表現為難治性腎病綜合征，少數病例為急性起病，有腹痛、血尿加重、蛋白尿增多及腎功能惡化，腹平片或B超檢查發現腎臟較前明顯增大。腎病綜合征由AA蛋白所致者占30%～40%，AL蛋白所致者占35%。一旦腎病綜合征出現，病情進展迅速，預后差，存活3年者不超過10%。
（4）尿毒癥期 繼腎病綜合征之后，出現進行性腎功能減退，多達半數者有氮質血癥，重癥死于尿毒癥。腎小管及腎間質偶可受累，后者表現為多尿，甚至呈尿崩癥表現，少數病例有腎性糖尿、腎小管酸中毒及低鉀血癥等電解質紊亂。由腎病綜合征發展到尿毒癥需1～3年不等。腎小球的淀粉樣沉積的程度與腎功能的相關性很差。