一、抗微生物藥治療 為最重要的治療措施。用藥原則為：①早期應用，在連續送3－5次血培養（每次抽血10ml左右）后即可開始治療；②充分用藥，選用殺菌性抗微生物藥，大劑量和長療程，旨在完全消滅深藏于贅生物內的致病菌；③靜脈用藥為主，保持高而穩定的血藥濃度；④病原微生物不明時，急性者選用針對金黃色葡萄球菌、鏈球菌的抗生素；⑤已分理處病原微生物時，應根據致病微生物對藥物的敏感程度選擇抗微生物藥。有條件者應測定最小抑菌濃度（MIC）以判定致病菌對某種抗微生物藥物的敏感程度，分為敏感（S）、中介（I）和耐藥（R），用以指導用藥。目前國內較多醫院采用紙片擴散法進行敏感度測定，雖不如MIC精確，但仍可供參考。
（一）經驗治療 在病原菌尚未培養出來時，急性者采用萘夫西林（新青霉素Ⅲ）2g，每4小時靜脈注射或滴注，加氨芐西林2g，每4小時靜脈注射或滴注慶大霉素，每日160－240mg；亞急性患者按常見致病菌的用藥方案，以青霉素為主或加慶大霉素，劑量同上。
（二）已知致病微生物時的治療
1、對青霉素敏感的細菌（MIC＜0.1μg/ml） 草綠色鏈球菌、牛鏈球菌、肺炎球菌等多屬此類。首選青霉素，400萬U每6小時靜脈緩注或滴注；或用頭孢曲松（頭孢三嗪）肌肉注射或靜脈注射，每日2g；對青霉素過敏者可用萬古霉素15mg/（kg.d），分兩次靜脈注射。所有病例均至少用藥4周。
2、對青霉素敏感性不確定者（0.1μg/ml＜MIC＜1.0μg/ml） 上列細菌或其他細菌對青霉素敏感試驗測定為I時，青霉素用藥量應加大為400萬U，每4小時一次，同時加慶大霉素，每日160－240mg，前者用藥4周以上，后者一般用藥不超過兩周。
3、對青霉素耐藥的細菌（MIC≥1.0μg/ml） 如腸球菌族的糞鏈球菌等多對清素不敏感，青霉素的用量需高達1800萬－3000萬U，持續靜脈滴注，或用氨芐西林2g，每4小時靜脈注射或滴注，加用慶大霉素160－240mg/d，用藥4－6周。治療過程中酌減或撤出大慶霉素，預防其毒副作用。上述治療效果不佳或患者不能耐受者也可改用萬古霉素1g，每12小時靜脈滴注。
4、金黃色葡萄球菌和表皮葡萄球菌 ①萘夫西林或苯唑西2g，每2小時1次，靜脈注射或點滴，用藥4－6周；②副用青霉素后延遲出現皮疹，用頭孢噻吩2g，每4小時1次，或頭孢唑啉（先鋒V）2g，每6小時1次，靜脈注射或點滴，用藥4－6周；③如對青霉素和頭孢菌素過敏或耐甲氧西林菌株致病者，用萬古霉素4－6周。如有嚴重感染播散，每一方案的初始3－5天加慶大霉素。
5、其他細菌 用青霉素、頭孢軍素或萬古霉素，加或不加氨基糖苷類，用藥4－6周。革蘭陰性桿菌感染用泔芐西林2g，每4小時1次，或哌拉西林（氧哌嗪青霉素），3g，每4小時1次，或頭孢噻腭（頭孢氨噻肟）2g，每4－6小時1次，或頭孢他啶（頭孢羥甲噻肟）2g，每8小時1次，靜脈注射或滴注，加慶大霉素160－240mg/d，靜脈滴注；環丙沙星200mg，每12小時1次，靜脈點滴也可有效。
6、真菌感染 用靜脈滴注兩性霉素B，首日1mg，之后每日遞增3－5mg，直至25－30mg/d。應注意兩性霉素B的毒副作用。兩性霉素B用夠療程后口服胞嘧啶100－150mg/（kg.d），每6小時1次，用藥數月。
二、外科治療 人工瓣膜置換術的適應證為：①嚴重瓣膜反流致心力衰竭；②真菌性心內摩炎；③雖充分使用抗微生物藥物，血培養持續陽性或反復復發。④雖充分抗微生物藥物治療，仍反復發作大動脈栓塞，超聲檢查證實有贅生物（≥10mm）。⑤主動脈瓣受累致房室阻滯，心急火瓣環膿腫需手術引流。⑥手術關閉動脈導管未閉或室間隔缺損為治療其并發的頑固性心內膜炎的重要措施。