苯并芘的存在對人體健康有著巨大的威脅，首先它是強致癌類物質的代表，最早于1775年倫敦市煙囪清掃工人陰囊癌高發開始，苯并芘的致癌性逐漸受到關注。之后，研究人員對動物采用口服、靜脈注射、吸入、氣管滴注等方式給藥，證明苯并芘還可引發 肺癌、胃癌、膀胱癌及消化道癌等多種癌癥。苯并芘還具有致畸性和致突變性，它能通過母體經胎盤影響子代，從而引起胚胎畸形或死亡以及幼仔免疫功能下降等。致突變性和致癌性緊密相關，致癌性強的，大多都有較強的致突變性，在Ames實驗及其它細菌突變、細菌DNA修復、姐妹染色單體交換、染色體畸變、哺乳類細胞培養及哺乳類動物精子畸變等實驗中苯并芘均呈陽性反應。最值得一提的是，苯并芘的毒性具有長期和隱匿的特性，當人體接觸或攝入苯并芘后即便當時沒有不適反應，但也會在體內蓄積，在表現出癥狀前有較長的潛伏期，一般為20～25年，同時也會使子孫后代受到影響，有些科學家甚至擔心苯并芘會阻斷人類的進化。