從預期的蛋白質功能出發→設計預期的蛋白質結構→推測應有的氨基酸序列→找到相對應的核糖核苷酸序列(RNA)→找到相對應的脫氧核糖核苷酸序列(DNA) [3] 。
蛋白質工程是指以蛋白質分子的結構規律及其與生物功能的關系作為基礎,通過基因修飾或基因合成,對現有蛋白質進行改造,或制造一種新的蛋白質,以滿足人類的生產和生活的需求。也就是說,蛋白質工程是在基因工程的基礎上,延伸出來的第二代基因工程,是包含多學科的綜合科技工程領域。