目前已分離純化的角蛋白酶的分子量差異較大，從十幾kDa到幾百kDa不等。較小的為單體酶，有報道來自Nesternkonia spAL-20的角蛋白酶，分子量為18kDa，較大的為復合酶，如嗜熱厭氧菌產的角蛋白酶可達200kDa以上。大部分角蛋白酶的分子量集中在30～70kDa之間，如HSIN-HUNG LIN報道的銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）產的角蛋白酶大小為30kDa，嗜麥芽黃單胞菌（Xanthomonas maltophilia）產的角蛋白酶大小為36kDa，近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）的角蛋白酶為60kDa。枯草芽孢桿菌產角蛋白酶的分子量為60kDa 。