生產酶制劑的微生物有絲狀真菌、酵母、細菌3大類群，主要是用好氣菌。幾種主要工業酶的菌種和使用情況如下：
淀粉酶類
淀粉酶水解淀粉生成糊狀麥芽低聚糖和麥芽糖。以芽孢桿菌屬的枯草芽孢桿菌和地衣形芽孢桿菌深層發酵生產為主，后者產生耐高溫酶。另外也用曲霉屬和根霉屬的菌株深層和半固體發酵生產，適用于食品加工。-淀粉酶主要用于制糖、紡織品退漿、發酵原料處理和食品加工等。葡糖淀粉酶能將淀粉水解成葡萄糖，現在幾乎全由黑曲霉深層發酵生產，用于制糖、酒精生產、發酵原料處理等。
蛋白酶
使用菌種和生產品種最多。用地衣形芽孢桿菌、短小芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌以深層發酵生產細菌蛋白酶；用鏈霉菌、曲霉深層發酵生產中性蛋白酶和曲霉酸性蛋白酶，用于皮革脫毛、毛皮軟化、制藥、食品工業；用毛霉屬的一些菌進行半固體發酵生產凝乳酶，在制造干酪中取代原來從牛犢胃提取的凝乳酶。