作為革蘭陰性細菌內毒素起著致病作用除此之外該菌對消毒劑及抗生素有強烈的抵抗能力這是漸增多的醫院感染的重要因素。其原因是它能很快獲得對抗生素，尤其是對β-內酰胺類抗生素的耐藥性應引起臨床醫師的重視。
1.宿主防御功能減退
(1)局部防御屏障受損：燒傷、創傷手術某些介入性操作造成皮膚黏膜的損傷，使陰溝腸桿菌易于透過人體屏障而入侵。
(2)免疫系統功能缺陷：先天性免疫系統發育障礙，或后天性受破壞(物理、化學、生物因素影響)，如放射治療細胞毒性藥物、免疫抑制劑、損害免疫系統的病毒感染等均可造成機會感染。
2.為病原體侵襲提供了機會 各種手術、留置導尿管靜脈穿刺導管內鏡檢查機械通氣等的應用使得陰溝腸桿菌有了入侵機體的通路從而可能導致感染
3.陰溝腸桿菌產生β-內酰胺酶 陰溝腸桿菌既可產生ESBIs，又可產生Amp C酶導致其對多種抗生素高度耐藥給臨床治療帶來困難。浙江省144株陰溝腸桿菌的藥敏檢測顯示對阿莫西林-克拉維酸、頭孢呋辛氨曲南頭孢噻肟環丙沙星哌拉西林-他唑巴坦和阿米卡星的敏感率均在55%以下，對頭孢哌酮-舒巴坦頭孢吡肟敏感率也只有60%左右僅對亞胺培南的敏感率高達98.61%，其中高產Amp C酶菌株占24.31%，產ESBLs菌株占36.81%。
4.抗生素的廣泛應用
(1)廣譜抗菌藥物可抑制人體各部的正常菌群，造成菌群失調
(2)對抗生素敏感的菌株被抑制，使耐藥菌株大量繁殖，容易造成醫院感染細菌的傳播和引起患者發病。近年來由于第三代頭孢菌素的廣泛使用，容易篩選出高產Amp C酶的陰溝腸桿菌，導致耐藥菌的流行。