溶組織內阿米巴滋養體具有侵入結腸和其他器官、適應宿主的免疫反應和表達致病因子的能力，這些致病因子破壞細胞外間質，接觸依賴性溶解宿主組織，抵抗補體的溶解作用，這便是溶組織內阿米巴致病的要點。這些毒力因子的轉錄水平是調節其致病性潛能的重要機理。
影響著溶組織內阿米巴的致病性因素中，有三種致病因子已在分子水平廣泛研究和闡明：即260kDa半乳糖/乙酰氨基半乳糖凝集素（Gal/GalNAC lectin）介導吸附于宿主細胞；阿米巴穿孔素（amoeba pores）在宿主細胞形成孔狀破壞；半胱氨酸蛋白酶則溶解宿主組織。
260kDa凝集素介導滋養體吸附于宿主結腸糖蛋白、結腸上皮、宿主中性粒細胞和紅細胞等表面。同時凝集素在吸附后還具有重要的溶細胞作用。這樣便使蟲體在穿入腸粘膜后，侵犯宿主組織。這種異種二聚體凝集素還參與細胞信號轉導作用。阿米巴穿孔素是一組包含在滋養體胞質顆粒中的小分子蛋白家族。滋養體在與靶細胞接觸時或侵入組織時可注入穿孔素，使靶細胞形成離子通道。在培養基中的滋養體并不分泌穿孔素。多胱氨酸蛋白酶是蟲體最豐富的蛋白酶，分子量約30kDa，屬于木瓜蛋白酶的大家族，可使靶細胞溶解，或降解補體C3為C3a，而抵抗補體介導的抗炎反應。另外，當蟲體侵入結腸或經血流播散時，蟲體則接觸到機體的補體系統，而使蟲體產生抗補體作用，有人認為260kDa凝集素亦與此作用有關。
總之，這些因子與致病性有關，它們又受基因控制。溶組織內阿米巴的基因在許多方面與其他的真核細胞和其他原蟲不同。迪斯帕內阿米巴雖有編碼這些因子的基因，但其基因產物的活性相當低。通過對這些因子的研究也許可以解釋致病性與非致病性；也許可幫助發現新的化療藥物、幫助開創出新的特異性的診斷方法及疫苗。
溶組織內阿米巴不同的分離株在其毒性特征方面具很大可變性。滋養體的毒力也受到外部因素的影響，例如某些細菌的作用，實驗性地通過動物內臟；培養基中含膽固醇等等，這些環境因素起到了調節致病性作用，在基因的表達水平控制著蟲體的致病性。某些革藍氏陰性菌可以增強滋養體的毒力，例如產氣莢膜桿菌等可以明顯增強實驗動物感染率和病變程度，附有細菌的滋養體可憑著細菌甘露糖結合凝集素或阿米巴半乳糖/乙酰氨酸半乳糖凝集素以增強阿米巴介導的對宿主細胞的溶解作用。
破壞胞外間質和溶解宿主組織是蟲體侵入的重要模式。同時，蟲體侵入組織需適應有氧環境和抵抗補體的作用。吞噬細菌和紅細胞，對血紅素分解作用為其在宿主體內生存的重要潛能。蟲體亦具有快速接觸殺傷巨噬細胞、T細胞和中性粒細胞作用。
宿主對阿米巴侵入的反應主要是細胞和體液免疫。雖然自然防御系統可阻止阿米巴的侵入，但是獲得性免疫則起重要的防御作用并具抗再感染作用。抗體特異性的T細胞或細胞因子g-干擾素等則可活化巨噬細胞，起抗阿米巴的主要作用。由于抗阿米巴抗體雖可結合在蟲體表面，但可以被降解或由于膜的流動而被移走或攝入胞內，可能通過凝集滋養體起抗感染或控制感染的輔助作用。所以候選疫苗需具B和T細胞的結合表位，和激活巨噬細胞活性。
阿米巴肝損害時在宿主和蟲體之間發生了復雜的相互作用。在活動性感染時，蟲體可調節T細胞和巨噬細胞的反應性，尤其是肝阿米巴的急性期，機體處于免疫機制的過渡期，利于蟲體存活。所以，阿米巴肝膿腫與巨噬細胞效應分子和T細胞數目等蟲體調節因素有關。所以解決阿米巴的免疫調節效應是抑制感染的關鍵。