通過改變機體的新陳代謝和行為，霉菌毒素導致奶牛產奶量降低。一些霉菌毒素損害奶牛的肝臟、腎臟和繁殖功能。其他的代謝損傷則具有較小的器官特異性，如潛在地抑制免疫機能，導致奶牛對傳染性疾病和其他疾病的易感性增高。在大多數情況下，霉菌毒素導致奶牛的采食量減少。當給奶牛飼喂含有霉菌毒素的霉變飼料時，奶牛較低的采食量以及因此而帶來的產奶量減少是奶牛養殖場常見的現象。另外，由于飼料中有害的霉菌毒素可轉移到牛奶中，這是另一個令奶牛生產者頭疼的問題。這種情況一旦發生，牛奶的質量降低，食品出現安全問題，霉菌毒素是致癌的物質，損害人類健康。對奶牛生產造成不利影響的主要霉菌毒素有黃曲霉毒素和不同種類的鐮刀菌毒素。危害奶牛的霉菌毒素黃曲霉毒素由真菌黃曲霉菌產生。這是一個熱帶或亞熱帶的霉菌，喜好高溫高濕或高溫干旱的環境條件。黃曲霉毒素損害奶牛的肝臟組織，破壞肝臟功能，嚴重地導致死亡；黃曲霉毒素損害機體的免疫系統，導致動物容易感染疾病，發病率上升。奶牛采食霉變飼料的其他常見癥狀還有：飼料采食量減少，產奶量降低，體細胞數增加等。
霉菌污染食品并產生毒素后，人如果攝入了這類食品可能引起對人體健康的各種損害，稱為霉菌毒素中毒。狹義的霉菌毒素中毒是指產毒霉菌寄生在糧食或飼料上，在適宜條件下產生有毒代謝產物，人、畜食用后導致中毒；廣義的霉菌毒素中毒則包括食用了本身含有霉菌毒素的或被霉菌毒素污染的食物(飼料)所引起的中毒。前者是霉菌在食品原料的貯運和加工過程中生長繁殖產生的毒素污染食品，此時食品的感官性狀一般沒有明顯的變化，人們在誤食這類食品后發生中毒；后者除上述情形外，還包括誤食以下兩類食品引起的中毒，這兩類食品為：一類是在糧食作物的生長過程中病原霉菌感染這些作物，并形成毒素殘留在其中，如麥角中毒；另一類是霉菌引起食品的腐敗變質，產生有毒有害物質，并導致食品感官性狀的明顯變化，如腐爛的柑橘等。