1、放、化療
放射治療科可延緩顱咽管瘤的復發，短期內控制腫瘤具有一定的療效。對于多次復發、不能根治、年齡較大或難以耐受手術的患者可進行放射治療。
放射治療可能引起腫瘤周圍的下丘腦、視交叉、腺垂體、垂體柄等相鄰部位及額葉的損傷，故治療后患者可出現垂體功能低下表現以及記憶力減退等癥狀，同時會加重腫瘤與周圍組織結構粘連，給再次手術帶來困難。
兒童顱咽管瘤患者，尤其是小于6歲的患者，要盡量避免接受放射治療，以減少對智力和內分泌方面的影響。對于不愿接受手術治療或不能耐受手術的成人患者，在充分告知患者及家屬放療不良反應的情況下，放療可以作為一種延長生存期的治療手段。
2、囊內放、化療
選擇性地對于單純囊性或主要為單囊的顱咽管瘤采用囊內治療方法，可作為手術切除的替代方法。尤其對于非常年輕的患者，囊內治療有可能推遲放療的時間，但應由有經驗的多學科團隊來實施。
腫瘤囊腔內注入干擾素的方法能提供最佳的獲益/風險比，但此方法僅限于腫瘤囊性部分，對實質部分無效。最近的一項國際研究項目回顧了56例接受干擾素治療的兒童患者，平均14個月后腫瘤出現了進展。
放射性物質（如90釔和32磷）或化療藥（博萊霉素）也可作為囊內治療物質植入腫瘤囊腔，但這些物質有可能導致不可逆的神經毒性作用甚至死亡，且并未被證實始終有效。
最新的回顧研究未證實，在兒童中使用博萊霉素囊內治療的有效性和安全性。因此，囊內治療的資料和數據，仍十分有限。